一、貨源組織
1、集裝箱貨源
集裝箱的適箱貸源，根據國家《關于發展我國集裝箱運輸若干問題的規定》中規定的適箱貨為12個品類，即交電、儀器、小型機械'玻璃陶瓷、工藝品；印刷品及紙張、醫藥、煙酒食品、日用品，化工品、針紡織品和小五金等雜貨、貴重、易碎、怕濕的貨物均屬于集裝箱運輸貨物、集裝箱貨源從運輸組織上分為整箱貨和拼箱貨兩類。整箱貨是指發貨人需單獨使用一個集裝箱的貨物，整箱貨是由發貨人負責裝箱t計數并施封。拼箱貨是指兩個以上發貨人貨物拼裝在一個集裝箱內的貨物，拼箱貨的裝卸作業由承運人或有關運輸代理部門負責。
2、日常貨源組織工作
做好日常貨源的組織工作，對于組織合理運輸，充分利用現有設備能力；有著十分重要的意義日常貨源組織對于貨物的品種、數量、流向、時間上都有著一定的要求。對于不'同品種的貨物要詳細了解其尺寸、外形、重量和需要的集裝箱類型及數量等；在流向上要提出貨物到站、港、以便組織拼裝貨；在時間上按照運輸作業的需要進行貨源的組織工作.日常資源組織工作是一項十分重要又十分細致的工作，要產、運、銷共同配合完成。
二、運輸工作組織
集裝箱運輸組織作，可以分為發送作業、中轉作業和交付作業宣部分，以鐵路集裝箱運輸組織工作為例：
1、發送作業
是指在發站裝運之前各項貨運作業，包括集裝箱承運前的組織工作和承運后至裝運前的作業。具體包括貨主要明確使用集裝箱運輸的條件及有關規定，如必須在指定的集裝箱辦理站，按：站內規定承運日期辦理：辦理站受理、審核、裝箱等。
2、中轉作業
集裝箱運輸除了由發站至到站的形式外，還有一部分集裝箱還要經過中轉才能至到站。中轉站的任務是負責將到達中轉站的集裝箱迅速按去向、到站重新配裝繼續發往到站。
3、交付作業
是指裝運集裝箱的貨車到貨場后需要辦理的卸車和向貨主辦理交付手續等工作，具體包括卸車作業，交付作業，鐵路貨運員根據車站的卸車計劃及時安排貨位、核對運單、貨票、裝載清單與集裝箱箱號、印封號是否一致、需要逐箱檢查，卸車；完畢后填寫到達記錄/最后，由貨運室通知發貨人。門到門的集裝箱由鐵路貨運員與收貨人代理共同核對箱號，檢查箱體封印，確認無誤后，填發門到門運輸作業單，并在作業單上簽收。
三、聯運形式
集裝箱運輸展現代化發展的必然產物，集裝箱運輸的發展又必須進行集裝箱的聯運，單獨靠一種運輸方式開展集裝箱運輸已經不能充分發揮集裝箱運輸的優越性，達不到頂期的效果。因此，組織鐵路、水運、公路多種運輸的集裝箱聯運已成為現代化運輸的必然產物，當今集裝箱運輸被稱為海陸空的主體運輸，已由國內聯運發展到國際聯運，由在一個國家內的不同運輸方式中進行，發展到幾個國家甚至洲際范圍內進行。集裝箱聯運就是通過各種運輸方式主管部門相互配合共同努力而完成運輸的全過程。