1、缺乏對農業物流的科學認識。現階段，全社會的物流觀念還沒有完全樹立起來，很多人把現代農業物流理解為農產品的倉儲、運輸和裝卸等，沒有認識到現代農業物流是蘊涵農業生產布局、結構調整、品種流向、農資和農產品實體運動所必須的裝卸、儲運、加工增值及相關服務與信息的環節鏈系統；沒有認識到現代農業物流在降低流通成本和交易費用，提高農產品附加值，增強企業競爭力方面的獨特作用。認識上的片面性導致農業物流因環節鏈的脫節無法實現整體上的科學、合理運作。
2、農業物流成本過高。我國農業生產大多是單戶經營的形式，很難達到經濟規模。農業生產資料的分散采購和農產品的分散銷售方式也具有自發的盲目性。很容易導致利用率低，生產要素的供應時間長而不穩定，物流成本過高。如我國農產品物流成本占總成本的30%—40%，鮮活農產品達到60%以上，而發達國家的物流成本一般控制在10%左右。
3、農業物流技術裝備水平低。交通動力不足，缺乏農業專用運輸工具。存儲、保鮮技術落后且條件差，加工處理水平低。例如，我國80%以上的生鮮食品是采用常溫保存、流通和初加工。據統計，常溫流通中果蔬約損失20%—30%，糧油15%、蛋15%、肉干耗3%，加上食品的等級間隔、運輸及加工損耗，每年造成的經濟損失約上千億元。美國農產品加工前后增值比為1∶3.8，而我國僅為1∶1.8。
4、農業物流信息化滯后。盡管涉農部門建立了一些農業信息網絡，但網絡在鄉、村出現斷層，農業物流資源信息不集中，發布與更新不及時，導致農業物流信息共享度低，信息流通不暢。從全國看，農業物流缺乏經過統一規劃設計的信息系統，信息技術還沒有在農業物流中普遍應用，企業內部與企業之間信息化差距大，電子商務發展不足。
5、農業物流社會化與市場化程度低。無論是農資生產企業還是農產品生產企業，仍然熱衷于自營物流，農民更是如此。雖然他們向運輸企業或倉儲企業尋求服務，但這些都僅限于一次性和臨時、分散的物流服務，本質上仍然追求自己內部生產與物流的結合，制約了第三方農業物流的發展。同時由于缺少足夠的用戶，數量有限的第三方農業物流的規模和實力都較小，只能簡單地提供運輸、倉儲和初加工服務。缺乏需求預測、精深加工、物流信息服務、成本控制和物流設施網絡設計等增值服務，尤其是物流方案設計以及全程物流服務等更高層次的物流服務還沒有開展。
6.農業物流標準化程度低。目前，我國仍未建立起適應農業物流發展的技術標準和工作標準體系，農業物流非標準化裝備、設施、行為仍相當普遍。比如，各種運輸方式之間裝備標準不統一；包裝標準與運輸實施標準不配套；不少農產品的分類、分級、分等大多憑人工感覺，誤差過大。這種狀況給農產品的儲存、運輸和加工造成一定困難，嚴重影響了農業物流活動的質量、效率和效益的提高以及國際農業物流活動的通暢。