發展物流金融業務雖然能給物流金融提供商、供應鏈節點企業和金融機構帶來共贏效果，但提供商卻面對各種各樣的風險。有效地分析和控制這些風險是物流金融能否成功的關鍵之一。
物流金融提供商主要的風險可以歸納如下。
1．內部管理風險
這也是企業中普遍存在的風險之一，包括組織機構陳舊松散、管理體制和監督機制不健全、工作人員素質不高、管理層決策發生錯誤等。在中國，企業內部管理風險往往較大。
2．運營風險
物流企業都會面臨運營方面的風險。從事金融業務的物流公司，由于要深入客戶產銷供應鏈中提供多元化的服務，相對地擴大了運營范圍，也就增加了風險。從倉儲、運輸、到與銀企之間的往來以及和客戶供銷商的接觸，運營風險無處不在。中國的物流運輸業還處在粗放型的發展階段，因此運營風險不容忽視。
3．技術風險
物流金融提供商因缺乏足夠的技術支持而引起的風險，如價值評估系統不完善或評估技術不高，網絡信息技術的落后造成信息不完整、業務不暢等。
4．市場風險
主要針對庫存質物的保值能力，包括質物市場價格的波動、金融匯率造成的變現能力改變等。
5．安全風險
質物在庫期間物流金融提供商必須對其發生的各種損失負責，因此倉庫的安全、員工的誠信以及提單的可信度都要加以考慮，另外還包括對質物保存的設施能否有效防止損壞、變質等問題。
6．環境風險
指政策制度和經濟環境的改變，包括相關政策的適用性、新政策的出臺、國內外經濟的穩定性等。一般情況下，中國的政治和經濟環境對物流金融造成的風險不大，但國際環境的變化會通過貿易、匯率等方面產生作用。
7．法律風險
主要是合同的條款規定和對質物的所有權問題。一方面，因為業務涉及多方主體，質物的所有權在各主體間進行流動，很可能產生所有權糾紛；另一方面，中國的《擔保法》和《合同法》中與物流金融相關的條款并不完善，又沒有其他指導性文件可以依據，因此業務合同出現法律問題的概率也不低。
8．信用風險
包括貨物的合法性、客戶的誠信度等，同時信用風險還與上述財務風險、運營風險、安全風險和法律風險等聯系密切。在具體實施物流金融業務時，應該結合上述的主要風險問題進行相應的風險管理。
我國第三方物流市場潛力巨大，現代物流業正走向正規化、大型化和專業化。同時，金融機構和中小企業則掙扎在“想貸不敢貸”、“想借借不到”的尷尬中。物流金融是一種創新型的第三方物流服務產品，其為金融機構、供應鏈企業以及第三方物流企業（第三方物流服務提供者）之間的緊密合作，提供了良好的平臺，使得所有合作能達到“共贏”的效果。
但是物流金融作為一種創新產品，企業界還沒有大范圍進行實踐運作，學術界尚未形成理論框架體系。我們也僅僅是對物流金融的理論研究和運作模式進行初步探討。相信隨著物流金融實踐的不斷積累和理論研究的不斷深入，物流金融服務將在國內擁有廣闊的市場和良好的前景。