(一)制冷方式　
冷藏船上一般都裝有制冷裝置，船艙隔熱保溫，多采用氨或氟利昂制冷系統；制冷劑主要是nh3、r22和r5.2。冷卻方式主要是冷風冷卻，也可以向循環空氣系統不斷注入少量液氮，還可以用一次注入液體二氧化碳或液氮等方式進行冷卻。冷卻系統應根據冷藏船的用途來選擇，運輸水果和冷卻肉的則采用空氣冷卻裝置；運輸凍結食品的則采用鹽水系統，鹽水管為排管，是用無縫鋼管以電焊或氣焊焊接而成。　
(二)制冷系統　
制冷機房設置在隔倉間或在主機問，氨制冷機多半設置在隔倉間，這里通風良好，當發生事故時，人們出來方便。氟利昂制冷機組設置在主機間。為了防止氨系統發生事故時，氨氣向其他房間散發，氨制冷系統應設置在單獨的房間內。制冷間的降溫通過不同溫度的鹽水系統來完成。　
船上的機房較狹小，所以制冷裝置要盡可能地緊湊，但又要為維修留下空間。考慮到生產的經濟性和在船上安裝的快速性問題，為了適應船上的快速安裝要求，已越來越多地采用系列化組裝部件，其中包括若干特殊結構。環境溫度的變化容易引起滲入冷卻貨艙內的熱量的變化，因此必須控制制冷裝置的負荷波動，所以，船用制冷裝置上一般裝有自動能量調節器，以保持貨艙溫度恒定不變。運輸過程中，為了確保制冷裝置連續工作，必須裝備備用機器和機組。　
(三)漁業冷藏船的制冷系統　
漁業冷藏船上使用隧道式凍結裝置和其他速凍設備，如平板凍結裝置、液體凍結裝置、流態凍結裝置等。制冷壓縮機以使用高速多缸、短行程、有能量調節機構的壓縮機為主。螺桿制冷壓縮機的使用日益普遍，它具有制冷量大、運行可靠、壽命長、能進行無級能量調節等特點，特別適于在船上使用。　
冷藏倉容量應當足夠凍結和儲藏1～2個月的漁獲量，冷藏溫度要根據所運輸易腐貨物的種類進行調節，達到最佳冷藏溫度。例如，對于凍結水產品一般要求在一18℃以下，并有低溫化的趨勢，有的國家采用一25℃或一0℃冷藏溫度。對于特種水產品如金槍魚則溫度要求更低，在一60℃～一50℃之間。如果冷藏艙超過2000m3則應有兩套制冷設備系統，一套備用。　
冷藏船、冷藏艙應該隔熱保溫，隔熱結構應考慮到金屬外殼同支架肋骨和船梁等形成的冷橋，一般多采用軟木板或碎塊軟木板為隔熱材料，船舷的標準隔熱層是由幾層涂熱瀝青黏合的軟木板，總厚度為200mm～240mm。由兩層20mm木板組成的鋪板固定于支柱上，鋪板間放有兩層羊皮板或油毛氈，支柱用螺栓固定于船身肋骨上。考慮到實際環境溫度變化較大，有時氣溫高達40℃以上，有時又低至一40℃。在設計計算隔熱層時，隔熱層的傳熱系數k<0．5w／㎡。　
(四)運輸冷藏船的制冷系統　
運輸冷藏船的冷藏容積在3500m3時，制冷機組的制冷量為470kw，而對于同容積的漁業船來說，如果帶有凍結裝置，則要求制冷量更大，如凍結量為每晝夜50t時，則制冷量高達1200kw。冷藏溫度越低時，所需的制冷量越大。　
以我國198t拖網漁船制冷系統為例進行介紹。該船為近海捕撈拖網漁船，設有150m3(約66t)魚艙，艙溫為±2。c。采用直接盤管冷卻和碎冰冷卻，用于魚品保鮮。設計的漁船用于拖網作業，每船每天起網3次，每網產量20t，日產60t，平均每航次作業11天。　
制冷裝置采用雙缸活塞式制冷壓縮機，標準制冷情況為32500w(r134a)制冷機及輔助設備均裝在主機艙內，采用集中控制和遠距離溫度測量。制冷裝置在給定溫度下可自動啟動、運行、停車。另外，漁船出海時帶冰28t，以備制冷裝置發生故障時應急之用。　
制冷系統由壓縮機、分油器、冷凝器、儲液器、過濾器、干燥器、供液電磁閥、膨脹閥、蒸發盤管、氣液分離器組成。壓縮機配用22kw電動機。　
隨著冷藏集裝箱的普及與發展，目前水上運輸大部分已采用冷藏集裝箱代替運輸船冷藏貨艙來進行易腐貨物的運輸。冷藏集裝箱運輸船將成為水上運輸的主要工具。