準確地進行物流成本管理，必須掌握好物流成本管理方法，一般有以下幾種。
(1) 比較分析
①橫向比較：把企業的供應物流、生產物流、銷售物流、退貨物流和廢棄物物流(有時包括流通加工和配送)等各部分物流費，分別計算出來，然后進行橫向比較，看哪部分發生的物流費用最多。如果是供應物流費用最多或者異常多，則再詳細查明原因，堵住漏洞，改進管理方法，以便降低物流成本；
②縱向比較：把企業歷年的各項物流費用與當年的物流費用加以比較，如果增加了，再分析一下為什么增加，在哪個地方增加了，增加的原因是什么?假若增加的是無效物流費，則立即改正；
③計劃與實際比較：把企業當年實際開支的物流費與原來編制的物流預算進行比較，如果超支了，分析一下超支的原因，在什么地方超支?這樣便能掌握企業物流管理中的問題和薄弱環節。
(2) 綜合評價
比如采用集裝箱運輸，一可以簡化包裝，節約包裝費；二可以防雨、防曬，保證運輸途中物品質量；三可以起倉庫作用，防盜、防火。但是，如果包裝由于簡化而降低了包裝強度，貨物在倉庫保管時則不能往高堆碼，浪費庫房空間，降低倉庫保管能力。由于簡化包裝，可能還影響貨物的裝卸搬運效率等等。那么，利用集裝箱運輸是好還是壞呢?就要用物流成本計算這一統一的尺度來綜合評價。分別算出上述各環節物流活動的費用，經過全面分析后得出結論，這就是物流成本管理。即通過物流成本的綜合效益研究分析，發現問題，解決問題，從而加強物流管理。
(3) 排除法
在物流成本管理中有一種方法叫活動標準管理(activiey based management，英文簡稱abm)。其中一種做法就是把物流相關的活動劃分為兩類，一類是有附加價值的活動，如出入庫、包裝、裝卸等與貨主直接相關的活動；另一類是非附加價值的活動，如開會、改變工序、維修機械設備等與貨主沒有直接關系的活動。其實，在商品流通過程中，如果能采用直達送貨的話，則不必設立倉庫或配送中心，實現零庫存，等于避免了物流中的非附加價值活動。如果將上述非附加價值的活動加以排除或盡量減少，就能節約物流費用，達到物流管理的目的。
(4) 責任劃分
在生產企業里，物流的責任究竟在哪個部門?是物流部門還是銷售部門?客觀地講，物流本身的責任在物流部門，但責任的源頭卻是銷售部門或生產部門。以銷售物流為例，一般情況下，由銷售部門制訂銷售物流計劃，包括訂貨后幾天之內送貨，接受訂貨的最小批量是多少等均由企業的銷售部門提出方案，定出原則。假若該企業過于強調銷售的重要性，則可能決定當天訂貨，次日送達。這樣的話訂貨批量大時，物流部門的送貨成本少，訂貨批量小時，送貨成本就增大，甚至過分頻繁、過少數量送貨造成的物流費用增加，大大超過了擴大銷售產生的價值，這種浪費和損失，應由銷售部門負責。分清類似的責任有利于控制物流總成本，防止銷售部門隨意改變配送計劃，堵住無意義、不產生任何附加價值的物流活動。