作為一個安全的edi報關系統，一是必須具有一個安全、可靠的通信網絡，以保證報關信息安全、快速、準確地傳遞；　
第二是必須保證數據庫服務器絕對安全，防止黑客闖入網絡盜取、篡改和破壞信息。　
第三，是電子報關數據和電子簽名的法律效力問題。電子數據報關單上沒有申報單位的印鑒和報關員的簽名，只有電子簽名。從海關的電腦打印出來的電子數據報關單及其有關報關單證能否直接作為證據?通關作業改革實施后，在電子報關單和紙質報關單并存的情況下，出現兩者內容不一致，應以哪種單證為有效單證?另外，由于電子數據的易消失性(如在操作時指令失當或染上電腦病毒，均會導致電子數據的部分或全部消失)和易改動性，主觀上或客觀上容易造成edi用戶與海關計算機記載的內容不一致，這時應以哪方計算機的儲存內容為準?如何認定當事人申報不實或偽報、瞞報的法律責任等等。