１．企業所屬類型因素
不同類型的企業，物流管理的側重點不同，物流管理組織的結構設計也相應各有特點。如原材料生產型的企業，它們是其他企業原材料的供應者，其產品種類雖一般較少，但通常卻是大批量裝卸和運輸。因此，一般要成立正式的物流管理部門與之適應。
２．企業的戰略因素
企業組織是幫助企業管理者實現管理目標的手段。因為目標產生于組織的總戰略，因此組織的設計應該與企業的戰略緊密配合，特別是組織結構應當服從企業戰略。如果一個企業的戰略發生了重大調整，毫無疑問，組織的結構就需要做相應的變動以適應和支持新的戰略。
３．企業的規模因素
企業規模的大小對企業的組織結構有明顯的影響作用。例如，對于規模大的企業，目前流行一種新形式的組織設計，把組織設計的側重點放到顧客需要或工作過程方面，用跨職能的項目小組取代僵硬的部門設置，在提高效率方面發揮了作用。
４．企業的技術因素
以追求利潤為目標的企業（特別是生產制造企業），都需要采取一定的技術，將投入轉換為產出。進行組織設計時不可忽視技術對組織結構提出的要求。越是常規的技術，結構就越應該標準化，即采用機械式的組織結構；越是非常規的技術，結構就越應該是有機式的。
５．企業環境的因素
企業環境是組織結構設計的一個主要影響因素。從本質上說，較穩定的企業環境，采用機械式組織更為有效；而動態的、不確定的環境，則采用有機式組織更佳。由于現今企業面臨的競爭壓力增大，企業環境也不似從前穩定，故企業物流組織應該能夠對環境的變化做出有益于企業運行的反應，設計要充分體現出“柔性”特征。
總之，企業物流管理組織設計一定要從企業的實際出發，綜合考慮企業的規模、產權制度、生產經營特點、企業組織形態及實際管理水平等多種因素，以建立最適宜的組織。物流管理組織的調整，要適應企業經營方式變革和企業內部管理向集約化轉換的需要。