(一)承運人與托運人之間可能產生的風險
1．貨物滅損帶來的賠償風險
對貨物的滅失和損害，一般發生在運輸、裝卸和存儲等環節。發生的原因可能有客觀因素，也可能有主觀因素。客觀因素主要有不可抗力、火災、地震等，主觀因素主要有裝卸工藝設計不當、運輸方案設計缺陷等。
2．延時送達帶來的責任風險
在物流合同要求下，物流企業延時送達往往導致客戶索賠。在實踐中，客戶索賠的依據大多是物流服務協議，也就是說，此時物流企業承擔的是違約賠償責任。
(二)承運人與分包商之間存在的風險
1．風險的傳遞
風險傳遞是指工程物流企業能否通過分包協議把全部風險有效傳遞給分包商的風險。例如，某物流企業與客戶簽訂的協議規定賠償責任限額為每件500元，但工程物流企業與分包商簽訂的協議規定賠償責任限額為每件100元，差額部分則由工程物流企業承擔。一旦發生問題，盡管工程物流企業對分包環節造成的貨損并沒有過錯，但依據合同不得不承擔差額部分的賠償責任。由于目前我國鐵路、民航、郵政等部門對賠償責任標準限額普遍規定較低，因此工程物流企業將面臨著不能有效傳遞和分攤風險的風險。
2．信息交流不暢的風險
由于工程物流的特殊性，使得對貨物運輸的要求較高，在分包的過程中承運人和分包商之間的信息交流不暢容易造成操作不當等問題，這時承運人就需要承擔其風險。
(三)與社會公眾之間可能產生的風險
1．環境污染風險
工程物流活動中的環境污染主要表現為交通擁堵、機動車排放尾氣、噪聲等。根據環境保護法，污染者需要對社會公眾承擔相應的法律責任。
2．交通肇事風險
運輸司機在運輸貨物的過程中發生交通肇事，屬于履行職務的行為，其民事責任應該由其所屬的物流企業承擔。
3．危險品泄漏風險
危險品在物流作業時有泄漏的風險，隨時會給社會公眾的生命財產安全帶來威脅。
4．其他
應重點考慮因工程物流項目導致沿途的拆遷、占用耕地等現象。