從成產地到消費者之間的運輸成本一般是很大的，發達國家典型的物流配送系統中運輸成本平均占銷售收入的4%。因此，盡量減少運輸開支并提供與費用相對應的服務水平是很重要的。
一般物流配送監控系統對運輸的監控有以下兩個層次：
第一，整車或大批量的原材料供應給大客戶，這些貨物可以是包裝或托盤化的，也可以是干散貨或液體散貨。運輸方式可以是鐵路、公路、水運或航空。
第二，從物流配送系統中心向客戶的小批量配送，可以采用所有的運輸方式。物流監控系統應記錄所有發運的貨物、客戶服務水平、發生的成本等。
監控是在兩個相關但分開的系統（貨物流與資金流）中進行的。
現代的服務敏感性物流配送系統必須提供貨物的實時信息，包括提供貨物的位置與狀態。這些信息提供給服務、銷售人員和客戶以確保有效率的運作。現代貨物跟蹤系統較為昂貴，但由于服務的改進，提供的競爭優勢是顯著的。
運費賬單審計以合同運價方式支付公共承運人的運費。運價考慮到了起始點的位置、貨物類別、貨物體積和重量、運輸距離、包裝形式和地域。運費賬單必須審計后支付，運輸賬單處理系統通常接受審計、支付賬單和提供控制系統的詳細數據。
系統可以用手工操作，也可以計算機化，現在發達的系統由條碼和其他掃描系統及高級處理軟件組成。發達國家典型的物流配送部門把這些服務分包給一個或多個第三方公司，由其負責運作。
許多公司有三個獨立的第三方公司運作：
(1)一個或多個網絡運輸公司，在配送中心提貨和發送產品給收貨人，承運人制作運費賬單，并送到支付運費的服務公司。
(2)由一個運輸服務公司通過比較托送人的發貨通知和商定的運價審計運費賬單，然后由服務公司代表托送人支付正確的賬單，或把審計過的賬單交給另一個應支付的公司。
(3)貨物運動和交付的跟蹤系統。以電子數據交換(edi)為特點的網絡，它可以由供應鏈中包括貨主、收貨人、承運人、配送中心運作者或外部網絡提供者的任何一方來運作。