進口方面 由代理報關單位到鐵路領取運單及有關單據并合同先到檢驗檢疫局報驗，報驗完畢后到海關報關，海關根據報關單工具稅單，將票據返還代理報關單位，報關單位將票據再返還給鐵路，鐵路安排車輛換裝貨物，海關、檢驗檢疫局在換裝現場開展查驗、監管、抽樣工作。換裝完畢后，票據返還代理報關單位，代理報關單位再到檢驗檢疫局開具通關單到海關憑具報關單、稅款單給予放行。鐵路收到已通關放行的票據后，根據要求貨物發往目的地，編制計劃、發運。 大致程序如下： 經營單位和代理報關單位簽署協議-提供有關單據貨物到：代理報關人-鐵路領取運單-檢驗檢疫局報驗-海關報關-鐵路換裝-代理人到檢驗檢疫局領取通關單-海關放行-鐵路編制計劃-發運。
出口方面 經營單位將出口貨物的有關單據提供給代理報關單位，貨物到口岸后，代理報關單位到鐵路領取運單后，到檢驗檢疫局報驗、查驗、抽樣，憑檢驗檢疫開具的通關到海關報關，海關查驗、征稅后放行，鐵路編制計劃發運。大致順序如下： 代理人領取運單-報驗-報關-放行-鐵路發運。