根據不同的原則，對多式聯運可以有多種分類形式。但就其組織方式和體制來說，基本上可分為協作式多式聯運和銜接式多式聯運兩大類。
１．協作式
協作式多式聯運是指兩種或兩種以上運輸方式的運輸企業，按照統一的規章或商定的協議，共同將貨物從接管貨物的地點運到指定交付貨物的地點的運輸。
協作式多式聯運是目前國內貨物聯運的基本形式。在協作式多式聯運下，參與聯運的承運人均可受理托運人的托運申請，接收貨物，簽署全程運輸單據，并負責自己區段的運輸生產；后續承運人除負責自己區段的運輸生產外，還需要承擔運輸銜接工作；而最后承運人則需要承擔貨物交付以及受理收貨人的貨損貨差的索賠。在這種體制下，參與聯運的每個承運人均具有雙重身份。對外而言，他們是共同承運人，其中一個承運人(或代表所有承運人的聯運機構)與發貨人訂立的運輸合同，對其他承運人均有約束力，即視為每個承運人均與貨方存在運輸合同關系；對內而言，每個承運人不但有義務完成自己區段的實際運輸和有關的貨運組織工作，還應根據規章或約定協議，承擔風險，分配利益。
根據開展聯運依據的不同，協作式多式聯運可進一步細分為法定(多式)聯運和協議(多式)聯運兩種。
1)法定(多式)聯運。它是指不同運輸方式運輸企業之間根據國家運輸主管部門頒布的規章開展的多式聯運。鐵路、水路運輸企業之間根據鐵道部、交通部共同頒布的《鐵路水路貨物聯運規則》開展的水陸聯運即屬此種聯運。在這種聯運形式下，有關運輸票據、聯運范圍、聯運受理的條件與程序、運輸銜接、貨物交付、貨物索賠程序以及承運之間的費用清算等，均應符合國家頒布的有關規章的規定，并實行計劃運輸。
這種聯運形式無疑有利于保護貨方的權利和保證聯運生產的順利進行，但缺點是靈活性較差，適用范圍較窄，它不僅在聯運方式上僅適用鐵路與水路兩種運輸方式之間的聯運，而且對聯運路線、貨物種類、數量及受理地、換裝地也做出了限制。此外，由于貨方托運前需要報批運輸計劃，給貨方帶來了一定的不便。法定(多式)聯運通常適用于保證指令性計劃物資、重點物資和國防、搶險、救災等急需物資的調撥。
2)協議(多式)聯運。它是指運輸企業之間根據商定的協議開展的多式聯運。比如，不同運輸方式的干線運輸企業與支線運輸或短途運輸企業，根據所簽署的聯運協議開展的多式聯運，即屬此種聯運。
與法定(多式)聯運不同，在這種聯運形式下，聯運采用的運輸方式、運輸票據、聯運范圍、聯運受理的條件與程序、運輸銜接、貨物交付、貨物索賠程序，以及承運人之間的利益分配與風險承擔等，均按聯運協議的規定辦理。與法定(多式)聯運相比，該聯運形式的最大缺點是聯運執行缺乏權威性，而且聯運協議的條款也可能會損害貨方或弱小承運人的利益。
２．銜接式
銜接式多式聯運是指由一個多式聯運企業(以下稱多式聯運經營人)綜合組織兩種或兩種以上運輸方式的運輸企業，將貨物從接管貨物的地點運到指定交付貨物的地點的運輸。在實踐中，多式聯運經營人既可能由不擁有任何運輸工具的國際貨運代理、場站經營人、倉儲經營人擔任，也可能由從事某一區段的實際承運人擔任。但無論如何，他都必須持有國家有關主管部門核準的許可證書，能獨立承擔責任。
在銜接式多式聯運下，運輸組織工作與實際運輸生產實現了分離，多式聯運經營人負責全程運輸組織工作，各區段的實際承運人負責實際運輸生產。在這種體制下，多式聯運經營人也具有雙重身份。對于貨方而言，他是全程承運人，與貨方訂立全程運輸合同，向貨方收取全程運費及其它費用，并承擔承運人的義務；對于各區段實際承運人而言，他是托運人，他與各區段實際承運人訂立分運合同， 向實際承運人支付運費及其它必要的費用。很明顯，這種運輸組織與運輸生產相互分離的形式，符合分工專業化的原則，由多式聯運經營人“一手托兩家”，不但方便了貨主和實際承運人，也有利于運輸的銜接工作，因此，它是聯運的主要形式。在國內聯運中，銜接式多式聯運通常稱為聯合運輸，多式聯運經營人則稱為聯運公司。我國在《合同法》頒布之前，僅對包括海上運輸方式在內的國際多式聯運經營人的權利與義務，在《海商法》和《國際集裝箱多式聯運規則》中做了相應的規定，對于其他形式下國際多式聯運經營人和國內多式聯運經營人的法律地位與責任，并未做出明確的法律規定。《合同法》頒布后，無論是國內多式聯運還是國際多式聯運，均應符合該多式聯運合同中的規定，這無疑有利于我國多式聯運業的發展壯大。