3pls在為企業提供上述便利的同時，也存在著一些弊端。
首先，企業不能直接控制物流職能，不能保證供貨的及時性和準確性，不能保證顧客服務的質量。
其次，3pls設計的方案通常都是針對不同的客戶量身定制的，不具有廣泛適用性。因此3pl公司不具有規模經濟性，3pl公司在為客戶減少了配送成本的同時，隨之而來管理成本卻會上升，因此為貨主節約的最終成本非常有限。
第三，傳統上，企業可以通過優化庫存、利用地區服務代理商和3pl公司來滿足客戶不斷增長的需要。但是到現在，客戶需要包括電子采購、訂單處理能力、虛擬庫存管理等。企業發現3pl提供商缺乏當前所需要的綜合技能、集成技術、戰略和全球擴張能力。