客戶對象
自理報關是從事處理企業本身的報關業務的，因而報關業務的客戶(服務對象)固定，報關員只從事本身企業的報關業務。而報關行報關員則是面對廣大有報關需求的企業，服務客戶面廣。
業務范圍
自理報關業務只從事與本企業有關的報關業務，企業的業務范圍決定了企業報關員的報關業務范圍。受企業的業務限制，從事企業報關的報關員一般只需懂得有關本企業的報關業務就可以了。而報關行報關員由于面對的是所有企業的報關業務，因此，報關的業務各種各樣，有機會接觸較全面的報關業務。
收入來源
自理報關的企業報關員一般拿企業的工資，多屬于固定工資方式，某時期業務量的多與少與工資沒有聯系。而報關行報關員一般是按報關量的提成計算工資的，薪水與報關業務量直接關系。