第一是信息技術、網絡技術的普及和發展，特別是互聯網技術解決了信息共享、信息傳輸的標準問題和成本問題，使得信息更廣泛地成為控制、決策的依據和基礎。因此只要解決信息的采集、傳輸、加工、共享，就能提高決策水平，從而帶來效益。在這個層面上可以不涉及或少涉及流程改造和優化的問題，信息系統的任務就是為決策提供及時、準確的信息。
第二是企業在利益機制的驅動下，不斷追求降低成本和加快資金周轉，將系統論和優化技術用于物流的流程設計和改造，融入新的管理制度之中。此時的信息系統作用有二，其一是固化新的流程或新的管理制度，使其得以規范地貫徹執行；其二是在規定的流程中提供優化的操作方案，例如倉儲存取的優化方案，運輸路徑的優化方案等。此時信息系統作用主要在于固化管理和優化操作。
第三個層面是供應鏈的形成和供應鏈管理的作用上升，其中物流管理是其主要組成部分。要解決的問題是提高整個供應鏈的效率和競爭力，主要是通過對上下游企業的信息反饋服務來提高供應鏈的協調性和整體效益，如生產企業與銷售企業的協同、供應商與采購商的協同等，物流信息系統不僅是供應鏈的血液循環系統，也是中樞神經系統。供應鏈的基礎是建立利的利益機制，但是這種機制需要一定的技術方案來保證，信息系統在這里的主要作用是實現這種互利機制的手段。例如銷售商的庫存由供應商的自動補貨系統來管理，生產商的生產計劃根據銷售商的市場預測來安排等等。