為了保持集裝箱運價的穩定，避免海運成本變化導致運價的波動，集裝箱班輪運輸仍然沿襲了班輪運輸的費率形式，即基本費率加附加費率。不過無論是基本費率還是附加費率，其形式比班輪運輸要簡潔的多。基本費率的形式包括均一費率（fak）、包箱費率（cbr）。　
與普通班輪一樣，國際集裝箱海運運費除計收基本運費外，也要加收各種附加費。附加費的標準與項目，根據航線和貨種的不同而有不同的規定。集裝箱海運附加費通常包括以下幾種形式：港口擁擠附加費、變更卸貨港附加費、選擇卸貨港附加費、燃油附加費、貨幣貶值附加費等。