零擔運輸的流程相較于其他運輸方式的基本流程沒有較大差異，都包括托運，承運，貨物交接以及貨物交付，唯一較大區別在于有零擔運輸中轉。以下就以主要的零擔運輸方式——公路零擔運輸介紹零擔運輸的基本流程。
托運
辦理零擔貨物運輸，由托運人填寫“汽車零擔貨物運輸運單”。運單填寫必須字跡清楚。
托運人對貨物自愿投保汽車貨物運輸險、保價運輸的，應在運單中注明。
托運人注明的特約事項，經承運人同意后，承托雙方簽章生效。
零擔貨物的包裝必須符合國家和交通運輸部門的規定和要求。對不符合包裝標準和要求的貨物，應由托運人改善包裝。對不會造成運輸設備及其他貨物污染和貨損的貨物，如托運人堅持原包裝，托運人應在“特約事項”欄內注明自行承擔由此可能造成的貨損。
托運危險物品時，其包裝應嚴格遵守交通部頒發的《公路危險貨物運輸規則》；按承托雙方協議辦理運輸易污染、易破損、易腐爛和鮮活物品，其包裝必須嚴格遵守雙方協議的規定。
托運普通零擔貨物中不得夾帶危險、禁運、限運和貴重物品。
托運政府法令禁運、限運以及需要辦理公安、衛生檢疫或其它準運證明的零擔貨物，托運人應同時提交有關證明。
托運時，托運人應在每件貨物兩端分別拴貼統一規定注有運輸號碼的貨物標簽。需要特殊裝卸、堆碼、儲存的貨物，應在貨物明顯處加貼儲運指示標志，并在運單“特約事項欄”內注明。
承運
承運人受理零擔貨物運輸業務，手續應簡便。提倡上門服務，開展信函和電話受理業務。對符合零擔貨物運輸基本要求，包裝合格的貨物，不得拒絕承運。
承運人對受理的零擔貨物及其包裝、運單、標簽，應認真審核，對不符合要求和差錯之處，應提請托運人改善和修正，并于重要修正處加蓋托運人印章。審核無誤后，在運單上加蓋承運章。
承運人對零擔貨物有疑義時，可以要求托運人拆包檢查。
承運人應將托運人提供的禁、限運貨物及公安、衛生檢疫等準運證明的名稱和文號填入“起運站記載事項”欄內，并在證明上加蓋承運章，必要時可將證明附于運單上，隨貨同行，以備查驗，運達后一并交收貨人。
承運人對辦理保價運輸的貨物，應在運單上加蓋“保價運輸”戳記，并按規定核收保價費。對有其他特殊要求的貨物，必須嚴格遵守商定的運輸條件和特約事項。
取消和變更
已受理的貨物在未起運前，托運人可以取消托運。承運人按規定核收取消托運手續費和其它已支出的費用。運費和其它尚未支出的費用退還托運人。托運人要求變更到站或收貨人的，需辦理變更手續，并換拴（貼）貨物標簽。承運人按規定核收變更手續費，并由托運人承擔由此給承運人造成的實際損失。貨物已經起運的，不予辦理取消和變更。
由于承運人的責任而造成取消運輸的，承運人免收手續費、退還全部運雜費，并承擔由此給托運人造成的直接實際損失。
貨物運輸過程中，由于自然災害、道路阻塞而造成運輸阻滯時，承運人應及時與托運人取得聯系，分別按下列情況處理：
一、托運人要求退運的，可免費運回，并退還去程未完成路段的運費；
二、托運人要求繞道運送或變更到站的，運、雜費照實核收；
三、托運人要求就地卸存自行處理的，退還未完成路段運費；
四、貨物在受阻處卸存期間承運人免費保管五天。在非承運人庫場存放，保管費用由托運人負擔。
貨物交接
貨物起運、中轉、到達都要嚴格履行交接手續。由起運站分別簽制直達、中轉“汽車零擔貨物交接清單”，憑單件交件收，單貨相符，交接雙方簽章。
貨物起運前發生短缺、殘損，由起運站處理后方可起運；貨物到達后發生票貨差誤。分別按下列辦法處理：
一、有票無貨，到達站相符，交接雙方在票單上簽注，由到達站查詢處理。到達站不符，交接雙方在票單上簽注，貨票退回起運站。
二、有貨無票，到站相符，應予收貨，交接雙方在清單上簽注，并通知起運站補發貨票；到站不符，交接雙方在清單上簽注，貨物退回起運站。
三、貨物短缺、殘損（包裝破損），不得拒絕收貨。交接雙方驗貨、復磅、記錄簽章、通知起運站，由到達站處理，由責任方賠償。
四、流向錯誤，越站錯運，票、貨退還起運站或貨票標明的到站。
貨物中轉
零擔貨物應盡量直達運送。必須中轉的，線路要合理。中轉站對中轉貨物應優先發運，中轉期限不得超過兩個班期。
零擔站對外應公布中轉站點。中轉站應設專人負責中轉貨物，有條件的地方應設置中轉專用倉庫。
中轉站發現貨物已經破損，應整修完好，并將整修情況記錄于運單和交接清單上。
中轉站發現票、貨不符的貨物，按第三十二條規定辦理。
貨物交付
貨物到達后，到達站應及時向收貨人發出到貨通知，并做好記錄。收貨人憑提貨單取貨，并應在提貨單上加蓋印章。到達站付貨后也應在提貨單上加蓋“貨物付訖”戳記后存查。
貨物按件交付。包裝破損，由交接雙方清點復磅，發現貨物短損由責任方賠償。貨簽脫落，不易辨認的貨物，必須慎重查明，方能交付。
提貨單遺失，收貨人應及時向到達站掛失。經確認后，可憑有效證件提貨。貨物若在掛失前已被他人持單取走，到達站應配合查找，但不負責賠償。
“到貨通知”發出后一個月內無人領取貨物或收貨方拒收，到達站應向起運站發出“貨物無法交付通知書”。超過一個月仍無人領取的，按國家經委經交（1986）772號《關于港口、車站無法交付貨物的處理辦法》的有關規定處理。
為了能讓運輸資源利用最大化，以及促進零擔運輸行業的發展，需要降低零擔運輸成本，降低中轉率，提高效率，同時還要將零擔業務的輻射范圍進一步擴大，以更加集中的利用資源。