船舶簽證分進港簽證和出港簽證，船舶在港停泊時間不超過72小時的，進港、出港簽證可以在出港前同時辦理。裝運危險貨物的船舶及油輪進港后應立即辦理進港簽證，出港時仍需辦理出港簽證。　
在港內航行和作業的船舶，可實行定期簽證。對來往于港口與港口附近作業點的船舶、內河定線客船、在同一海事管轄范圍內或在兩個海事管轄范圍之間從事定線短途運輸及作業的船舶，可以申請辦理定期簽證。申請辦理定期簽證的船舶，應由船舶所有人或經營人向港務監督申請。定期簽證的有效期自簽證之日起不超過90天。　
起運港或目的港未設海事部門簽證站點的，船舶應到途經就近的海事部門簽證站點辦理簽證。簽證簿損毀或使用完畢后，應送港務監督檢查注銷，并由船舶或船舶所有人保留三年。船舶應在其船籍港海事部門申領簽證簿。