水路運價的結構主要可以分為：按距離的差別運價結構以及按貨種的差別運價結構兩種形式。　
1．按距離差別的運價結構　
運輸費用是隨著運輸距離的延長而增加的，按距離遠近制定水路運價是最簡單也是最基本的運價結構形式。但實踐中并不是完全按距離遠近成正比例地制定運價，絕大多數距離運價是按遞遠遞減原則制定的，即運價隨著距離增加而增加，但不如距離增加的快。換言之，雖然運價總額長距離比短距離多，但每公里運價則是短距離時較高而長距離時較低。這是因為運輸成本的變化是遞遠遞減的，即單位運輸成本是隨著運輸距離的延長而逐漸降低的?！?br>運輸支出按作業過程可以分為始發和到達作業支出、與運行作業有關的支出和中轉作業支出三項。運輸距離增加，雖然運輸總支出會隨著增加，但是其中成比例增加的只是與運行作業有關的支出和中轉作業支出，而始發和到達作業支出是不變的。因此，運輸距離長時，分攤到單位運輸成本中的始發和到達作業費用較少，因而運輸成本低。相反，如果運輸距離短，分攤到單位運輸成本中的始發和到達作業費用較多，成本就高。運輸成本結構的這種變化是實行遞遠遞減運價的基礎。　
2．按貨種的差別運價結構　
水路總運價是根據運價率和運輸距離共同確定的，有些運價的計算還要加上另外的發、到作業費用。國外的距離運價結構中還有成組運價結構和基點運價結構。成組運價結構是將某一區域內的所有發送站或到達站集合成組，所有在一個組內的各點都適用同一運價，也被稱為區域運價。影響各種貨物運輸成本的主要因素有：　
(1)水路運輸中由于各種貨物的性質和狀態不同，需要使用不同類型的貨艙裝載，從而對運輸成本有不同的影響?！?br>(2)各種貨物的比重和包裝狀態不同，對船舶載重力的利用程度不同，完成同樣周轉量的不同貨物所占用的運輸能力和所花費的支出可能是不同的。　
(3)由于貨物性質和所使用的船舶類型不同，裝卸作業的難易程度也不同?！?br>(4)船舶停留時間長短不一，貨流的集中程度對運輸成本也有影響，有些貨物不僅需要使用特殊的船舶，而且需要提供特殊的設施，這些都會使運輸成本提高?！?br>(5)各種貨物的產銷地理分布狀況決定了其運輸距離的不同，而不同運輸距離的貨物其運輸成本是有差別的?！?br>因此，在制定運價時要根據不同類別的貨物制定相應的運價。按貨種的差別運價是通過貨物分類和確定級差來體現的。在我國現行運價制度中，水運和公路采用分級制，即將貨物運價分成若干號或若干級別，每個運價號或級別都規定一個基本運價率，各種貨物根據其運輸成本和國家政策的要求，分別納入適當的運價號或運價級別中去。