一、保稅貨物進庫分為兩部分：
直接報關進區的貨物，操作流程如下：
1、保稅貨物進庫前，貨物所有權人應盡可能提前將預備進保稅倉庫的貨物發票和裝箱單復印件或傳真件交倉儲部，以便倉儲部經理安排倉位和相關資源。
2、貨物進庫時，有紙報關的，送貨人須將經卡口海關工作人員確認的備案清單復印件交倉庫管理員;無紙報關的，送貨人須將經卡口海關工作人員確認的《放行通知書海關驗放聯》及《貨主留存聯》及此貨物的發票和裝箱單交倉庫管理員。
3、貨物抵庫后，倉庫管理員向送貨人索要上述單證并核對貨物的數量、嘜頭、和包裝是否吻合，如發現貨物數量、嘜頭有任何不符合應立即上報倉儲部經理并與客戶聯系，及時處理。如發現外包裝破損時，應及時聯系客戶，并在原地拍照取證。
4、貨物驗收完畢后，倉庫管理員應將貨物堆放整齊，及時填寫入庫理貨記錄，做好《三級臺帳》。將《入庫理貨記錄》簽字后連同單據移交給單證管理員，并將樁腳卡掛好
5、單證管理員接到單據后，根據倉庫管理員的《入庫理貨記錄》，將數據錄入海關倉儲管理系統，作進庫處理，將單據歸檔。無紙報關的，還須將《放行通知書海關驗放聯》交清關部或客戶向通關科交單。
先進區再報關出口的貨物(視同出口或結轉)操作流程如下：
1、貨物進庫前，貨物所有權人應盡可能提前將預備進保稅倉庫的貨物發票和裝箱單復印件或傳真件交倉儲部，以便倉儲部經理安排倉位和相關資源。
2、貨物進庫時，送貨人在海關卡口需填寫《非保稅貨物進區登記單》，詳細填寫入庫貨物的品名、數量、重量、金額及核銷單號等，經卡口海關工作人員核對簽字、蓋章帶回。
3、貨物抵達倉庫后，倉庫管理員憑送貨人帶回的已經卡口海關工作人員核對簽字、蓋章的《非保稅貨物進區登記單》收貨(無此憑證倉庫管理員有權拒收此貨)，核對無誤后填寫《入庫理貨記錄》，連同進區登記單交單證管理員。
4、單證管理員接到《入庫理貨記錄》和《非保稅貨物進區登記單》后，將《非保稅貨物進區登記單》和相關報關資料交指定的報關公司報關。
5、報關完畢后，單證管理員在收到海關電子數據后，根據《入庫理貨記錄》并比對海關電子數據，如數據一致的，在海關保稅倉儲系統中作入庫處理，如不一致的，須在查明原因后再處理，否則不作入庫處理。入庫后單證管理員須打印《進庫清單》，傳真《進庫清單》給客戶后與正本進境備案清單一體歸檔。
6、倉庫管理員將樁腳卡掛好，填寫入庫臺帳。
二、保稅貨物出庫
1、根據客戶傳來數據錄入海關倉庫管理系統生成《出庫提貨單》，交客戶或報關員報關。
2、報關完畢后，將提貨單及報關單原件等交回我司倉儲部，單證管理員將報關單號輸入海關保稅倉儲系統后，發送電子數據給海關，并接收海關電子放行通知。
3、接客戶貨物出庫指令后，倉儲部經理按此指令制定《出庫通知》，將出庫通知交倉庫管理員，由倉庫管理員按《出庫通知》要求，組織叉車駕駛員和倉庫出貨人員，將待發貨物挑選出來并擺放在待發區或裝上指定承運工具上。
4、貨物裝上指定承運工具，收貨人對貨物數量及包裝情況簽署意見，倉庫管理員將收貨人證件復印件、客戶貨物出庫指令、倉儲部經理《出庫通知》和收貨人收貨意見表一起交單證管理員，單證管理員根據上述資料，將出庫數據錄入海關保稅倉儲系統，并生成實際《已核對通過出庫提貨單》，交收貨人。
5、提貨人到倉庫提貨所需資料，否則倉庫不予發貨：
(1)　需提供海關蓋放行章的提貨單(倉庫核銷聯)等海關放行單證(已提供的不再提供)。
(2)客戶正本出庫指令或與倉儲合同所示委托方傳真號一致的傳真件正本的出庫指令。
(3)與出庫指令一致的收貨人身份證明原件。
6、倉庫管理員在收貨人提貨后，登記樁腳卡，填寫出庫臺帳。