從廣義業務上講，所謂跨境電商的業務模式，‘跨境’是指分屬不同關境的交易主體，‘電商’是指通過電子商務平臺達成交易、進行支付結算，并通過跨境物流送達商品、完成交易。
“四八新政”監管政策下的跨境電商包含保稅備貨、跨境直郵兩種業務模式。
保稅備貨：平臺先將商品批量運輸至國內保稅倉，待消費者下單后，再從保稅倉進行清關出區，交付國內物流配送至消費者；跨境直郵：平臺將商品存放在海外倉庫，待消費者下單后，直接從海關配送，經中國海關清關后，交由國內物流配送至消費者。
保稅備貨、跨境直郵均是在‘四八新政’監管規則下的合規跨境電商業務模式，均需進行商品備案，經營品類受正面清單限制，所有訂單均需平臺進行主動申報，繳納相關稅費后才能進行境內配送，因此有效避免了代購、海通等灰色區域。但由于備貨地的配置差異，保稅備貨、跨境直郵在物流時效、商品品類等方面形成了各自的優劣勢。
對于大多數消費者而言，對直郵相對比較推崇，因為直郵模式可以提供完整的國外物流信息從而規避假貨風險；對于平臺而言，則是根據不同的運營策略，對兩種模式各有側重。
四八新政完善了跨境電商的相關稅制，即‘跨境電商零售進口商品不再按物品征收行郵稅，而是按貨物征收關稅、增值稅、消費稅’，不再設立免稅額。同時要求‘對于通過跨境電商入境的商品過往海關時需要三單合一，即支付單、訂單、物流單三單要一致匹配’。
支付單由有支付資質的企業推送給海關，訂單和物流單由跨境電商平臺或提供保稅倉倉儲物流服務的第三方公司推送給海關，海關核對三單信息，核驗放行后才可進行境內段配送。
三單合一’的監管要求在國家層面有效提升跨境電商監管力度、征繳海關稅費方面提供了強有力的工具保障，但同時也提高了跨境電商行業的進入門檻，由于需要和第三方支付、物流、保稅倉及電子口岸進行系統對接，一定的技術開發能力成為業務開展的基礎。
在實際政策落地過程中，三單合一也存在著很多變通方式，如部分關區僅要求三單（訂單、支付單、運單），而有些關區（如成都、鄭州）則要求‘四單’，除了訂單、支付單、運單外，還需要由代理清關公司報送‘清單’；同時訂單、運單、支付單等均可由代理清關公司代為報送，但需要先向海關部門進行申請審核。
消費者在跨境電商平臺下單完成支付；電商平臺通知第三方支付公司，將支付單報送至各關區清關服務平臺；電商平臺將消費者訂單報送至各關區清關服務平臺；電商平臺通知第三方代理清關公司（保稅倉）待清關訂單信息；第三方代理清關公司（保稅倉）獲取電子運單號，結合待清關訂單信息生成清單，報送至各關區清關服務平臺；清關服務平臺將支付單、訂單、物流單、清單進行初步校驗，通過后報送關、檢、稅、匯各管理部門業務系統；清關服務平臺獲取海關校驗結果后（通過/不通過），回傳清關結果至代理清關公司；若通過，代理清關公司進行后續打包、清關等操作。
各業務單據報送均為異步執行，可分別報送至清關服務平臺，但是電商平臺為了提高清關成功率，一般會優化該清關流程，如會在收到支付單報送成功信息回執后，再向海關推送訂單信息。
在電子清關過程中，有兩個比較特殊的角色，第三方代理清關公司、清關服務平臺；
第三方代理清關公司：在保稅備貨模式下，對于沒有能力自建保稅倉的平臺，需要與區內第三方公共保稅倉合作，商品運達境內關區完成商檢后，進入第三方保稅倉。一般情況下，區內保稅倉公司通常均具備代理清關資質，能夠完成訂單申報、代繳稅費等工作，同時區內保稅倉公司通常有合作的境內物流公司。因此，第三方代理清關公司往往承擔著倉儲、訂單作業、清關、物流配送等各項服務能力。清關服務平臺：即‘海關單一窗口’，在各關區沒有清關公共服務平臺前，跨境電商公司需要分別于地方海關、檢驗檢疫、國稅、外管局系統進行對接；清關公共服務平臺整合了各管理部門內部系統，形成一套統一的申報接口，從而有效降低了三單合一系統對接難度。