一般情況下，跨境物流清關過程需要經過兩個國家或地區海關部門的審核一一出口國海關與目的地國海關。而對于出口跨境電商而言，清關的難點主要集中在目的地國海關方面，海關部門對出現問題的包裹處理方式無外乎三種：提供相關文件后即可通行、貨物退還給發件單位、直接沒收。
對賣家來說，提供相關文件的后果無外乎延長配送時間，稍微嚴重的可能會被賣家投訴，勉強還可接受。但退件及沒收，無疑會讓賣家蒙受目大損失。
造成跨境電商清關障礙的因素主要包括兩個方面：
其一，賣家對目的地國家的進口政策不夠重視，比如，產品缺少國際認證機構提供的相關認證、故意低報商品價值等;
其二，目的地國家的貿易壁壘高，以巴西為例，進入巴西的國際包裹幾乎都要經過海關部門的嚴格檢驗，而且發貨方必須提供包括貨物價值聲明、收件人稅號、商業發票在內的多種資料及文件，有時即便是資料齊全也會遭到巴西海關部門的各種刁難。
另外，在一些海關機構信息化建設相對落后的國家，由于缺乏強大的智能處理系統提供支持，包裹通關主要流程需要用人力解決。這導致清關效率極其低下，對消費者的購物體驗帶來了較為嚴重的負面影響。