倉儲服務費，一種是按工作量進行收取，出、入、存、退等都按件計費;另一種是按資源使用合同收取,按面積、儲位、人員、設備、耗材等計費。海外倉運營的成本包括固定成本、庫房租金、設折舊;可變成本包括薪資、耗材、水電網費、運費等。海外倉在定價模式上，排除頭程可能由賣家自送，費用大致可以分為倉儲費、操作費和派送費等幾部分。不少海外倉公司延續傳統貨代業務員的銷售方式,以折扣作為賣點，對不同體量的賣家價格不一樣，在不同時間又會推出一些優惠活動。隨著行業競爭越來越公開化，市場報價從早期的混亂，到現在越來越趨于一致，即盈利點主要基于提升倉庫吞吐規模，掙勞動產出而非差價。涉及代發頭程的，貨物從中國到海外倉的運輸、提貨、倉儲及清關等費用結構更為復雜，組成涉及不同產品、不同路向、不同渠道的價格矩陣。
在合作初期大部分第三方海外倉都可以免1~3個月倉租費;操作費按包裹3~5元/件，隨一定重量遞增;占比較大的部分是派送費，快遞折扣取決于海外倉整體出貨量,為了吸引賣家，海外倉通常按實價報，很少再摻差價;倉內增值服務按工作量不同另行計算。
多個國家、多個賬號會涉及多個fba和第三方海外倉，費用項多。海外倉要主動為每個貨主出具定期的出/入庫量及投遞情況報告，讓賣家自己掌握庫存及算清每一筆費用構成，才能避免糾紛。例如根據商品滯倉天數去計算滯倉費，如果庫存數量有差異，圍繞滯倉費就會產生各種糾紛。倉儲成本的控制，不要追求面積，要使流程優化，使銷量最大化、庫存最小化，充分去挖掘技術設備的潛力，提高儲存密度和倉容利用率:要選擇合理的人員組織形式，盡量減少非生產人工費用的支出;要采取出租、借用、出售等多種經營方式提高資產設備的利用率及資金占用;訂單上量才能獲得更好的配送價。
多數海外倉為了避免壞賬，采用儲值預付費發貨的模式，充分利用上下游賬期差。財務人員，負責當地稅務、渠道費用的對賬、付款及對進銷異常的處理，與國內外對接好費用流程，輸出財務報表，分析資金周轉。只有把客戶沉淀在系統上，清晰地管理客戶的售后、賬單和賬期，即使業務員流動，客戶也不容易流失。