１．農村經濟發展總體水平低，農村物流發展緩慢。
農村物流的發展水平受農村經濟發展水平的影響很大。目前我國農村發展勢頭良好，農村稅費改革使得農民受益很大，但與城市相比，農村經濟依然落后，農民收入低，農村市場相對城市市場發展滯后，這必然使得農村物流供給及需求水平低，物流業發展緩慢。
同時，農村物流發展緩慢還與廣大農村地區物流意識差、物流知識薄弱、對物流重視不夠有著直接關系。
２．農產品具有易腐性、季節性，農村物流經營難度大。
與工業品相比，農產品具有生物屬性，容易腐爛變質。農產品是自然的產物，具有季節性和周期性。農產品的自然屬性對其運輸、包裝、加工等提出了特殊的也是更高的要求，經營農產品物流風險較大。
３．農村生產組織水平低，物流需求分散，物流供給能力不足。
在我國，農業生產仍基本是以農戶為單位，生產規模小，分工不細，收入有限，對物流需求不足且分散。而物流的供給需要在科學技術的推動下實現規模經濟。無論是農村生產組織、流通組織還是物流企業都在規模小、管理水平低、技術條件差等問題，制約了物流的供給水平。
４．物流基礎設施落后，物流技術裝備落后，物流運作成本高。
物流的運輸、包裝、裝卸搬運、流通加工、信息處理等每一項功能的實施，都與物流的基礎設施和物流技術水平有關。農村道路狀況差，物流運費就高；沒有公共的信息平臺，物流信息就難以處理和發揮作用：沒有科學的冷藏設備，鮮活農產品就難以運輸、加工等實現其價值；沒有科學的工藝和技術，農產品就難以實現加工增值。
５．物流政策不到位甚至空門，物流作業不規范，物流交易成本高。
影響物流交易合約順利形成和履行的因素很多，其中政策和信用是主要的。有的地方還是空白，這樣物流作業就難以規范，物流需求者對物流企業缺乏信任，對物流外包的結果難以預期，因此物流合約難以達成。沒有政策的支持，物流業也難以發展壯大以適應農村經濟發展的需要。