航空貨運主單和分單是兩個不同的文件，主要用于控制航空貨物的運輸過程。雖然兩者有許多相同之處，但也存在著很大的差異。以下是詳細的說明：
主單，也被稱為主運單，是由相關航空公司印制并出具的，其開頭顯著位置會顯示相關航空公司名稱及相關代碼。分單，又稱為提單，是由貨代公司印制并出具的，其開頭顯著位置會顯示相關的貨代公司名及相關代碼。這是主單和分單的印制出具方面的不同。
主運單和分單的確認方不同，前者是由貨代公司至航空公司領取、顯示信息后返還給航空公司，由航空公司記錄確認貨物信息內容，后者則是由貨代直接出具給貨主確認相關貨物信息內容。此外，主運單上貨物重量通常接近實際重量，因為航空公司根據此來配載飛機平衡，貨代提供的重量不能出現大誤差。
根據主運單的作用，主要是向航空公司提供貨物相關信息，包括貨物數量、重量、體積等以及發貨人和收貨人的信息以及目的地。通常情況下，主運單的發貨人是貨代公司，而收貨人是與目的港口貨代公司有聯系的代理公司。代理公司主要職責是協助發貨的貨代公司通知最終收貨人，并安排貨物的清關手續并向收貨人收取一定的費用。
分運單的主要作用是讓貨主了解所安排的航空公司和航班信息，以及運輸貨物的重量和體積數據。同時，貨代可以根據這些信息向貨主收取相應的運費。
海關所接收的艙單信息通常是根據主單而來，而顯示的只有件數、重量和尺寸等基礎信息，貨物具體品名不一定會顯示。這是因為許多貨代可能會為多個出口商處理一單貨物，此時一個主單下面會存在多個分單，每個分單則對應一個實際的發貨人或收貨人。主單對于貨代來說具有重要意義，而分單則是客戶所關心的重點信息。因此，一般情況下客戶所收到的艙單都是分單。客戶要明確的是，主單是貨代的信息，其中的發貨人是貨代自身，而收貨人則是海外合作代理，也是貨代的一部分，對于客戶來說毫無實際意義。
根據分單，你作為發貨人，貨物的收貨人是你的海外客戶。國外代理會根據主單向航空公司提貨，而你的客戶則會憑借分單通過代理提貨。國外的清關程序會以分單作為依據，而不依賴主單。直接提單是指，主單上標明了你的身份作為發貨人，而貨物將直接交付給你的客戶，不需要通過代理。但是，在貨物到達國外之后，航空公司會為你指定一個代理，去處理相關的事宜。因為貨物的收貨人不可能直接與航空公司交涉，必須通過貨運代理來進行。航空公司不可能獨立處理所有的事項。
綜上所述，航空貨運主單和分單在貨物運輸過程中起著至關重要的作用，托運人必須確保填寫正確的主單和分單，以便運輸商可以準確無誤地處理和運送貨物。