中國一共有兩所海事類大學上海海運學校，一所是大連海事大學上海海運學校，進入了211工程項目上海海運學校，并且是交通運輸部唯一的直屬高校，而另外一所，就是位于上海的上海海事大學，當然后者就沒有前者命那么好了，發展也不如前者好。
上海海事大學的歷史還是很悠久的，可以追溯到1909年創辦的上海高等商船學堂，1929年改為吳淞商船?？茖W校，1950年，與上海交通大學航業管理系合并升格為上海航務學院。1953年，上海航務學院、東北航海學院、福建航海專科學校三校合并成立大連海運學院(大連海事大學)。
今天的上海海事大學是在原址上重建的院校，自然實力沒有前者那么強大了。1958年，交通部在上海重建上海海運學院，之前去往大連的原上海航務學院的部分師資也返回上海，也算是對上海海運學院的支持了。1962年，海洋運輸專業并入大連海運學院，機械工程類專業并入武漢水運工程學院(武漢理工大學前身之一)，兩校的經管類專業并入，這樣一來，上海海運學院的交通類專業遭受到了一定的打擊。
1966年，辦學方向從海運轉為水運。1981年，獲得碩士學位授予權，算是比較早的高校了，1998年獲得博士學位授予權。1999年，上海港灣學校劃歸管理，2000年從交通部下放上海直屬。2004年，正式更名為上海海事大學。2008年，交通運輸部與上海共建上海海事大學。