1、確定評價目的
對物流系統進行綜合評價，是為了從總體上把握物流系統現狀，尋找物流系統的薄弱環節，明確物流系統的改善方向。為此，應將物流系統各項評價指標的實際值與設定的基準值相比較，以顯現現實系統與基準系統的差別，基難值的設定通常有下列三種方式：
(1)以物流系統運行的目標值為基準值，評價物流系統對預期目標的實現程度，尋找實際與目標的差距所在；
(2)以物流系統運行的歷史值為基準值，評價物流系統的發展趨勢，從中發現薄弱環節；
(3)以同行業的標準值、平均水平值或先進水平值為基準值，評價物流系統在同類系統中的地位，從而尋找出改善物流系統的潛力。
2、建立評價指標體系
從系統的觀點來看，系統的評價指標體系是由若干個單項評價指標組成的有機整體。它應反映出評價目的的要求，并盡量做到全面、合理、科學、實用。為此，在建立物流系統綜合評價的指標體系時，應選擇有代表性的物流系統特征值指標，以便從總體上反映物流系統的現狀，發現存在的主要問題，明確改善方向。
3、選擇評價方法和模型
(1)評價指標多且劃分為不同層次，可通過逐級綜合得出對各部分的評價及對系統的總體評價結果。
(2)由于管理基礎工作等方面的原因，有些指標無法精確量化；同時由于物流系統是多屬性的物流系統，評價結果用一個數值來表示不夠全面和精確，對物流系統的評價一般采用綜合評價方法。因而對各指標進行登記評價具有一定的模糊性，通常采用模糊集理論對物流系統進行評價。