總體來看，我國物流中心存在著經營分散，社會化程度低，物流布局不合理，物流技術含量低等問題。
1)體制弊端
目前在我國經濟領域中存在的部門分割、地區分割等現象，嚴重阻礙了現代化物流中心的發展。由于各部門、各地區都從自身的利益出發，存在一種“肥水不流外人田”的思想，在制定發展規劃時，缺乏必要的統籌與協調，缺乏綜合性規劃。較為常見的是鐵路與公路等運輸部門都組建了自已的物流中心，但這些物流中心橫向聯系少，資源不能共享，造成重復建設5資源的利用率低。
專業化分工和協作是物流中心賴以生存和發展的基礎環境，條塊分割和區域封鎖卻嚴重制約著現代化物流中心的建設和發展。主要表現在產業結構趨同化，即各地區沒有很好地根據當地的實際情況，建立起能發揮本地區優勢的產業，做到與其他地區優勢互補。這種不合理性降低了地區間的比較優勢，減少了商品流通的相對規模，使物流中心的生存空間受到相當擠壓，增加了物流中心開展業務的難度，削弱了物流中心可能帶來的比較利益。
2)物流中心信息化程度較低
目前，我國的物流中心在獲取信息的手段和技術等方面與國外物流中心相比，有很大的差距。盡管我國的物流中心也已經開始了物流中心網絡化建設，但其網絡的覆蓋面還遠遠不能滿足需求。在信息化時代，沒有及時、準確、全面的信息支持，物流中心的成功運作是相當困難的。
3)物流中心的社會化程度較低
目前我國的生產企業、流通企業中的“大而全”、“小而全”現象和思想仍然存在，這些企業一般都擁有自己的物流體系，這就造成了我國物流中心的規模小而分散，社會化、組織化程度低，在物流配送的各環節上銜接配套差，物流服務功能不完善。
4)物流中心的信譽有待提高
目前我國的物流中心還遠遠沒有實現規模經營，因此帶來的信譽問題是不可避免的。物流中心不能按照事先與客戶達成的協議，圓滿完成物流服務，從而使自己在客戶中的聲譽受到影響，這種現象經常出現。這將對該物流中心未來的發展帶來嚴重影響。