企業進行物流共同化時，就如同企業改造般，如果順暢則可藉此獲利，若無好的規劃與執行，易遭受抗拒或破壞而無法達到共同化的預期成效。下面分成三個層面來探討物流共同化所面臨的問題：　
1、以經營者的角度來看　
1）在導入共同配送的過程中，因暫時需投入大量資金，造成短時間物流成本成本增加，影響企業營運績效。　
2）在共同化之下，企業間需相互合作，即所謂伙伴關系，但因有其利害關系，雙方皆會顧忌、害怕客戶信息外流，使業務流失。　
3）客戶的配送并非由企業本身來執行，因而減少與客戶間的接觸，是否會因此影響其服務質量。　
4）與共同化的成員間是否能明定彼此間的權利、義務關系。　
2、以管理部門來看　
1）執行物流共同化之后，是否會影響配送時效、質量等服務？比未實施之前來得好？　
2）共同化成員是否真正合理、公平來分配、享受物流系統資源？如：訂單處理順序、儲位位置。　
3）要如何針對貨物其損壞、遺失之物流損耗做一合理的分攤計算？其責任劃分為何？　
3、由總體方向來看　
1）雖共同化可減少輸配送、人事方面支出，如果只片面實行共同化作業，不但不能達到預設的效率，還會導致經營者畏懼此流通變革。　
2）在專業物流中心成立后，企業將貨品的配送、倉儲交由專屬機構管理，會產生比企業本身經營物流體系更多的溝通不良。　
3）企業簽訂合約實行共同化，一旦有任何環節產生疏漏，易造成無人愿意承擔責任，往往形成物流機能不易掌握導致失控。