1.與電子商務相協(xié)調(diào)的物流配送基礎落后
雖然基于電子商務的物流配送模式受到了越來越多的關注，但由于觀念、制度和技術水平的制約，我國電子商務物流配送的發(fā)展仍然比較緩慢，與社會需求差距仍然較大。目前，高速公路網(wǎng)絡的建設與完善、物流配送中心的規(guī)劃與管理、現(xiàn)代化物流配送工具與技術的使用、與電子商務物流配送相適應的管理模式和經(jīng)營方式的優(yōu)化等都無法適應我國電子商務物流配送的要求。基礎設施和管理手段的落后、必要的公共信息交流平臺的缺乏，都制約著我國電子商務物流配送的發(fā)展。
2.電子商務物流配送的相關政策法規(guī)不完善
目前，我國物流管理管理體制還處于區(qū)域、部門分割管理的狀態(tài)下，區(qū)域之間缺乏協(xié)調(diào)統(tǒng)一的發(fā)展規(guī)劃和協(xié)調(diào)有序的協(xié)同運作，歸口管理不一致，都制約了電子商務物流配送的效率。由于缺乏一體化的物流系統(tǒng)，電子商務很難發(fā)揮其應有的突破空間、快捷交易的功能。此外，與電子商務物流配送相適應的財稅制度、社會安全保障制度、市場準入與退出制度、糾紛解決程序等還不夠完善，制度和法規(guī)的缺陷阻礙了電子商務物流配送的發(fā)展。
3.物流配送的電子化、集成化管理程度不高
電子商務物流配送之所以受到越來越多企業(yè)的青睞，在于電子商務迎合了現(xiàn)代顧客多樣化的需求，網(wǎng)絡上的大量定制化越來越多的出現(xiàn)，電子商務企業(yè)只有通過電子化、集成化物流管理把供應鏈上各個環(huán)節(jié)整合起來，才能對顧客的個性化需求作出快速反應。但從我國的實際來看，企業(yè)的集成化供應鏈管理還處于較初級階段，表現(xiàn)在運輸網(wǎng)絡的合理化有待提升、物流信息的速效性不高等方面。這與我國物流業(yè)起步較晚，先進的物流技術設備，如全球定位系統(tǒng)、地理識別系統(tǒng)、電子數(shù)據(jù)交換技術、射頻識別技術、自動跟蹤技術等還較少應用有關。沒有先進的技術設備做基礎，電子商務物流配送企業(yè)的集成化管理就難以實現(xiàn)；而集成化管理程度不高，電子商務物流配送企業(yè)的效率就會大打折扣。
4.熟悉電子商務的物流配送人才匱乏
由于電子商務物流配送在我國的發(fā)展時間較短，大多數(shù)從傳統(tǒng)物流企業(yè)轉(zhuǎn)型而來的企業(yè)在人才的儲備和培育方面顯然還不能適應電子商務時代的要求，有關電子商務方面的知識和操作經(jīng)驗不足，這直接影響到了企業(yè)的生存和發(fā)展。與國外形成規(guī)模的物流教育系統(tǒng)相比較，我國在物流和配送方面的教育還相當落后，尤其在電子商務物流配送方面的教育。由于實踐中運行成功案例的缺乏，熟悉電子商務的物流配送人才匱乏，制約了電子商務物流配送模式的推廣，也影響了電子商務物流配送的成功運營。