當出現物流運輸糾紛以后，大多數情況下，合同雙方會考慮到多年的或良好的合作關系和商業因素，互相退讓．爭取友好協商解決，同時也為今后的進一步合作打下基礎。但也有的糾紛因雙方之間產生的分歧較大，無法通過協商解決，這時可以尋求雙方都比較信賴的行業協會或其他組織進行調解，達成和解協議，從而解決糾紛。還有一部分物流運輸糾紛，雖經雙方較長時間的協商，以及在行業協會或其他組織介入調解以后，還是無法解決。這時，合同雙方只能尋求法律途徑來處理糾紛。
綜合上述內容可以發現，解決運輸糾紛的方法一般有協商、調解、仲裁和訴訟等四種形式。
(1)協商。協商是爭議雙方在自愿互諒的基礎上，按照國家法律政策和合同規定，直接進行磋商，達成協議，以解決合同糾紛的方法，這是一種有效解決糾紛的方法。它有利于迅速平息爭議，有利于問題的迅速解決。
(2)調解。調解是由第三者主持，合同糾紛的雙方當事人參加，通過調解，達成某種協議，解決合同糾紛的方法。調解的程序是：由爭議一方向相關部門提出調解申請書及相應的證明材料；相關部門進行審核，符合法律規定即可受理；調解主持人通過與雙方交談，弄清事實，核實證據，分清是非，判明責任，提出調解方案。經過調解，爭議雙方同意調解人提出的調解方案，由主持調解部門制作調解協議書。
(3)仲裁。仲裁是解決民事糾紛的一種較為理想的方式，具有專家裁處、自由、方便、靈活、快捷等特點，而且費用相對低廉。仲裁規則對糾紛雙方都具有約束力，而且只要仲裁符合規則，該項仲裁就是終局性的。目前，我國對仲裁進行規范的法律是1995年的《仲裁法》。
糾紛雙方在兩種情況下，可以采取仲裁方式解決物流運輸糾紛：第一，在訂立的合同中已經選擇了仲裁作為解決糾紛的方式；第二，在糾紛發生后一致同意采用仲裁方式來解決糾紛。
(4)訴訟。在物流運輸糾紛發生以后，如果合同雙方無法達成一致的解決方案，或雙方未對糾紛的解決方法進行約定，則應該通過訴訟的方式來解決。由一方或雙方向有管轄權的法院提起訴訟，然后由法院作出判決。一方或雙方如果對一審判決不服，還可以進行上訴、申訴的等。