企業(yè)物流整合涉及到跨職能部門的作業(yè)，因此面臨的阻力是多方面的。概括地說，企業(yè)物流整合的阻力主要來自于以下幾個方面：組織結構、績效衡量體系、存貨所有權問題、信息技術和知識相互傳遞的能力等。
１．企業(yè)組織結構。
企業(yè)傳統(tǒng)的業(yè)務組織結構會影響到任何一項跨職能部門作業(yè)的執(zhí)行，因為傳統(tǒng)的業(yè)務組織結構反應出來的是相對獨立的部門運作，而企業(yè)物流整合則要求在各職能領域間進行高效的合作與協(xié)調。因此，企業(yè)實施物流整合首先要從調整企業(yè)組織結構入手。
２．績效衡量體系。
企業(yè)傳統(tǒng)的績效衡量體系往往是針對相對獨立的組織部門而分別制定標準進行考核，也就是說企業(yè)傳統(tǒng)的績效衡量體系基本上是依循企業(yè)傳統(tǒng)的組織結構來設計的。企業(yè)實施物流整合，調整了傳統(tǒng)的組織結構，就必須相應地調整績效衡量體系，否則達不到預期的目的。
３．貨物所有權問題。
存貨可以有效幫助物流的某一功能的實現(xiàn)。獲得存貨所有權的傳統(tǒng)方法是保持足量供應，以備安全起見，應同時避免需求及作業(yè)中的不確定因素。但保持足量供應勢必增加庫存對財務資金的占用，同時相應增加企業(yè)風險。
４．信息技術。
信息技術是實現(xiàn)物流整合的關鍵因素。企業(yè)的信息系統(tǒng)傳統(tǒng)上也是按照組織結構的思路來分別進行設計的，這就使得企業(yè)許多數(shù)據(jù)庫僅限于在特定的職能部門內使用，在涉及跨職能部門時，信息難以共享。因此，無法實現(xiàn)信息共享無疑是物流整合的又一大阻力。
５．知識相互傳遞的能力。
實踐證明，如果在企業(yè)內分享經驗的能力受到限制同樣嚴重影響到企業(yè)的物流整合。比如，當富有經驗的工作人員因退休或其他原因離開企業(yè)時，無法對知識進行轉化或傳遞，而新人又需要很長的一段時間才能適應，那么在這種情況下就會對物流整合形成阻力。
總之，物流是一項綜合性的業(yè)務，涉及眾多職員和各功能領域，而在物流領域中知識和經驗的傳遞又往往很難標準化。因此，企業(yè)要實施有效的物流整合，還必須解決知識與經驗的積累與傳遞問題，即解決企業(yè)的知識庫問題。