一是按費用支出形式分類，分為直接物流費用和間接物流費用。直接物流費用是由企業直接支付，間接物流費用是企業把物流活動委托他人而支付給他人的物流費用。這兩個大項又可以詳細分為材料費、人工費、差旅費、維護費用等。這種分類方法與財務統計方法相一致，優點是便于檢查物流費用在各項日常支出中的數額和所占比例，最適合用于企業物流費用管理。
二是按物流活動的基本構成分類，分為物流環節費用（包括運輸費、包裝費、裝卸費、保管費、加工費等）。
另外還可以按物流的整個運作過程分類，包括企業物流活動的籌備費用、企業生產物流費用、銷售物流費用和逆向物流費用等。
在企業物流活動的過程中，管理人員可以結合本企業的實際物流狀況和企業注重的不同側面，采取不同的分類方法，其共同目的在于控制物流費用。