在降低物流制度成本方面，海南省發改委和省交通廳聯合印發《海南省關于進一步降低物流成本的實施方案》，通過六大方面24條舉措，力爭海南省全社會物流總費用占全省地區生產總值由2019年的14.96%降低到2025年的13.2%左右。
優化城市配送車輛通行停靠管理。積極申報國家城市綠色貨運配送示范工程。加強對物流園區(貨運樞紐)建設、新能源車輛推廣應用、智慧綠色物流服務平臺建設等支持力度。
推進通關便利化。持續推動落實港口單位公布口岸作業時限制度，細化靠泊、裝卸、場內轉運、集裝箱轉運、吊裝、移位、掏箱等作業時限標準，提升全流程電子化程度，壓縮單證流轉時間，提升貨物進出港效率。
在降低物流稅費成本方面，落實物流領域稅費優惠政策。充分利用網站、微信公眾號、視頻、短信、電話等“非接觸式”方式開展政策宣傳，保障納稅人知曉運用“大宗商品倉儲用地城鎮土地使用稅減半征收”等物流減稅降費政策。
降低公路通行成本。認真落實鮮活農產品運輸“綠色通道”優惠政策，按規定免征進出島貨物車輛通行附加費，落實優惠瓊州海峽輪渡運費和港口客滾作業包干費政策。
降低鐵路航空貨運收費。精簡鐵路貨運雜費項目，降低運雜費遲交金收費標準，嚴格落實取消貨運運輸變更手續費。將機場貨站運抵費歸并納入貨物處理費。
規范海運口岸收費。降低港口、檢驗檢疫等收費。依法規范港口企業和船公司收費行為。執行《優化海南口岸營商環境促進跨境貿易便利化實施方案》，促進降低集裝箱進出口環節合規成本。
加強物流領域收費行為監管。對實行政府定價或政府指導價的收費項目，按管理權限，及時降低偏高收費標準；對實行市場調節價的收費項目，由市場監管部門研究建立規范行業收費行為的規則或指南。