(1)　中小規模企業沒有必要也無法整合物流
據行業統計，全國藥品批發企業1.65萬家，零售企業近14萬家，全國零售藥店總數12萬家、藥品生產企業6300多家。這些企業中95%以上都是中小型醫藥企業，雖然中小型醫藥企業在投入上無法與大型企業相比，無法成為供應鏈整合的領導者，但是作為現行醫藥供應體系中的一部分，任何一個供應鏈的優化項目都離不開這一環節。在中國醫藥供應鏈整合逐步受到重視的將來，任何一個供應鏈中的成員也希望有這樣的戰略合作伙伴參與到項目中來，以共同探索成功之道。事實上，中小型醫藥企業可以在兩個層面上開展物流整合，以提高物流服務水平、降低物流成本。一是在作業層面上，積極優化內部作業流程以提高效率和客戶服務水平，并探索與第三方醫藥物流企業的合作模式以取得成本降低;二是在戰略層面積極參與到大型企業領導的供應鏈整合中去，從上下游環節取得成本降低和服務提高。
(2)　設備和技術決定競爭能力
認為物流設備、技術越先進就越有利于強化企業競爭力，越能吸引客戶和戰略合作伙伴，在物流項目的建設上重技術先進性帶來的宣傳效應，而輕視了系統應用中的協調一致性，是當前國內醫藥物流投資的另一誤區。這一認識誤區的直接后果就是物流系統化、信息化、自動化不是為自己“量體裁衣”，與現有的業務規模和管理水平不匹配。事實上，作為一項系統工程，物流效率和服務水平的高低不是取決于整個系統最強的部分，而是取決于最薄弱的環節。單一技術環節的高要求、高投入并不能顯著改善整個物流系統的表現。從戰略投資者、商業合作伙伴或者是下游的客戶的角度來說，更注重的是整個物流系統的可靠性、完整性和物流整體服務水平的高低，而不是物流設備、技術的先進程度。中國的醫藥物流要由傳統的粗放型向現代化的信息型轉變，存在著政策法規、業態流程、經營模式、觀念、軟件開發和人員這幾大障礙，這幾個主要的問題不解決，設備和技術再先進也無用武之地。
(3)　自動化帶來成本降低
自動化對降低物流成本的作用主要體現在兩個方面：一是工作效率提高后帶來的直接人工成本降低，二是差錯率降低后帶來的間接作業成本降低。各地企業投資自動化物流中心的熱情很高，申報的項目少則投資數千萬元，多則高達數億元。然而國內的現狀是：一方面企業在國營體制下很難裁減人員，進而降低人工成本，另一方面自動化設備上馬后每天要產生數萬元的能耗成本。更有甚者，由于國內電力供應緊張的關系，很多自動化設備只能處于半投產狀態，無法通過規模化經營來降低成本。因此，很多企業面臨的困境是：自動化物流中心上馬后，物流成本不降反升。
導致上述原因的就是我國醫藥企業對自動化的片面認識。一個先進的機械設備運行系統能否有效發揮作用，跟企業本身的信息化程度、信息化管理程度有很大的關聯，可是很多企業盲目的上信息化、物流機械化，沒有考慮是不是真正的適合自己企業的實際需求。事實上，我國的醫藥倉庫完全沒有必要上全自動的倉儲設備，國外之所以實現全自動化一是因為他們的人工成本高，二是因為他們的其它的配套環境：政策、人才、業務流程達到這樣的水平。而這兩大條件在我國尚不存在，所以這種物流設備的“全副武裝”應該是一個循序漸進的過程，當前只要針對自己的實際情況投入相應的設備就足夠了。