海關稽查，是指海關自進出口貨物放行之日起3年內或者在保稅貨物、減免稅進口貨物的海關監管期限內及其后的3年內，對被稽查人的會計帳薄、會計憑證、報關單證以及其他有關資料和有關進出口貨物進行核查，監督被稽查人進出口活動的真實性和合法性。
海關稽查并不以企業違法為前提
海關對從事進出口活動的企業，進行稽查是海關監督進出口活動的真實性和合法性的一項法定職權，并不代表被稽查人存在違法情事。稽查過程實際上也就是對企業進出口貿易行為的全面體檢，幫助企業規范內部管理，從而更加規范和高效率的從事進出口活動。
以常規稽查的對象選取為例，年度常規稽查中就有超過3年未實施稽查或核查的企業。
與進出口活動直接有關的企業≠ 直接從事進出口活動的企業
比如，一些企業自身并沒有直接進口減免稅貨物，只是通過報關企業代理進口，但作為減免稅進口貨物的使用單位，仍然屬于《稽查條例》規定的被稽查人范圍，海關可以對其開展稽查，適用海關稽查程序。
此外，有些沒有直接進出口活動的企業，如果與被稽查人有財務往來或者其他商務往來，海關也可以根據《稽查條例》規定不制作《稽查通知書》，直接對該企業進行一般性的查詢、調取單證和資料。這一類企業也應當向海關如實反映被稽查人的有關情況，提供有關資料和證明材料。
實施稽查的對象包括哪些?
一是從事對外貿易的企業、單位;二是從事對外加工貿易的企業;三是經營保稅業務的企業;四是使用或者經營減免稅進口貨物的企業、單位;五是從事報關業務的企業;六是海關總署規定的從事與進出口活動直接有關的其他企業、單位。
海關稽查是海關后續監管的主要力量
6月1日起全國通關一體化改革在上海率先啟動試點。此次改革試點實施“一次申報、分步處置”的通關管理模式，企業可一次性辦理貨物申報納稅手續，海關第一步在口岸確定是否查驗，排除安全準入風險后，貨物可先予放行，海關第二步開展涉稅申報要素批量審核，通過稽核查等手段監督稅收入庫。
全國通關一體化全面實現后，企業可以任意選取一個海關進行申報，并自報、自繳稅款，通過海關的安全準入風險排查后，貨物即可在口岸放行，海關在放行后實施報關單批量審核、后續稽核查等。