在外貿工作的整個流程中，外貿單證的操作是非常重要的一個工作內容，它連接著外貿工作的每一個步驟。因此，對于每個外貿從業人員來說，都必須熟練掌握外貿單證的操作流程。
1.外銷合同
在客戶有意向購買產品，并且各種條款已基本商定，客戶會要求傳外銷合同或者是形式發票，以便客戶下訂單。當然，有些客戶是直接下訂單的。外銷合同做好后，在傳真或掃描給客戶之前，一定要再次確認下合同的的價格條款、包裝、付款方式和港口。如果外銷合同上出現問題，特別是價格條款，和客戶解釋起來很麻煩，所以一定要仔細核對，有時候可能因為一個小問題而丟掉客戶。
2.訂艙
客戶下訂單后，就可以通知貨代訂艙了。要告知貨代準確的件重尺，特別是化工品類的危險品。因為要做目的港確認，如果件重尺有誤，貨物很難上船，或者會產生額外費用，甚至耽誤船期。
3.報關單據
在艙位確認后，就要及時(艙位確定當天或開船前一周)給貨代寄報關單據。整套的報關單據包括：發票、箱單、合同、報關單、報關委托書、核銷單。其中，發票，箱單和合同上要加蓋中英文的長條章和手簽章。報關單上加蓋報關專用章，報關委托書一式三聯，每聯上都要加蓋公章和手簽章，核銷單上兩處騎縫處加蓋公章，出口單位和代碼處加蓋組織機構代碼章，共三處。核銷單要及時在海關網上備案，即貨物從哪個港口出，備案到哪個港口。在寄送前，再確認下單據是否齊備，章是否蓋全，是否清晰。
4.預收款的登記
對于有預付款的客戶，要求客戶在開船前預付一部分貨款，一般都是30%。外匯局規定，對于不超過30000美金的預收款，在國家外匯管理局網上服務平臺上進行合同登記，超過30000美金的要拿著申報材料到外匯局審批。銀行通知有錢到帳后，要及時給銀行傳真相應的發票或合同，上面要寫明預收款多少金額，以便銀行及時把此筆錢入賬。隔天可以去銀行取預收款的水單。拿到水單后，在外匯局網站上進行提款登記。提款登記后，口岸ic卡里就有了此票預收款的額度，就可以進行結匯了。注意，對于每一票預收款，要及時在國家外匯管理局的網站上進行合同登記和提款登記，登記可以提高公司外匯的預收款額度和收匯額度。在貨物順利出運，且收到余款后，進行注銷登記。
5.核對單據
貨代訂好艙且貨物發到出運港口后，要及時聯系貨代的操作人員核對單據。客戶要求的其他單據，像保險單、熏蒸證、產地證等，也要及時核對。核對單據的時候，一定要仔細認真，把客戶的要求再仔仔細細的看一下，達到客戶的要求。t/t條款的單據，一般客戶沒有很特殊的要求，基本上都可以達到。對于信用證，在接證之前，一定要仔細地審查客戶的要求，要及時和銀行或貨代確認。某個條款是否能達到，對于確實做不到的條款，要及時和客戶協商改證，對于模棱兩可的條款，要注意提防，在銀行或貨代表明不好達到的，一定要堅決改證。要做到單單一致，單證一致。注意，對于每一筆出運的單據，都要進行留底復印加掃描，備查。
6.正本單據
在提單核對完，貨物出運一周內，船公司就會出正本提單了。要先讓貨代掃描正本提單，再次確認下提單內容，如無誤，就盡快讓貨代郵寄正本單據。正本提單出來后，其他客戶要求的特殊單據也可以出正本了。所有這些單據的正本都出來后，整理發票、箱單和外銷合同等。對于t/t的客戶，在收到客戶全款后，按客戶要求的份數郵寄給客戶;信用證要求下的單據，按照信用證的要求，在信用證規定的效期內，及時交給銀行。注意，對于收到的提單、保單等，提單一般是三正三副(或只有三份正本)，保單是兩正兩副或一正兩副，要仔細檢查內容是都一致，章是否完整清晰，對于有問題的單據要及時退還，更改，以免時間長誤事。
7.核銷
貨物出運后，一般30天左右，貨代會把核銷單和報關單退還。在收到退回來的核銷單據時，要仔細檢查下，核銷單和報關單是否蓋有海關驗訖章，報關單上還要有代理報關行的報關專用章和報關員的章。然后，先在海關網上進行交單和報送，并打印逐筆核銷報表(蓋公章)，帶上核銷單、報關單(核銷聯和退稅聯)、水單和發票，到外匯進行核銷。核銷后，蓋上出口核銷專用章于核銷單上外匯局簽注欄(兩處)、報關單(核銷聯和退稅聯)和水單上。核銷完后，把核銷單上的核銷專用聯、報關單的核銷聯和水單、發票(commercial invoice)整理，歸檔。
8.退稅
核銷完后，把蓋過核銷專用章的水單復印一下(退稅要用到)，連同增值稅發票、報關單退稅聯、核銷單退稅聯和發票(commercial invoice)把相關信息錄入到出口退稅操作系統里。拿著預申報的數據u盤和打出來的報表，去稅局進行預申報(或者是直接上傳到稅局的預申報系統里);等稅局系統里有信息，通知正式申報的時候，拿著正式申報的數據u盤和報表去稅局退稅。退稅的報表上需蓋公章和財務人員私章。