1．年審　
海關對專業報關企業實行年審制度。其年審時間為每年的1月1日至4月30日。辦理注冊登記不滿1年的，當年度可不參加年審。　
已取得異地報關備案資格的，要憑報關注冊海關的年審合格記錄到備案海關辦理年審。　
海關對專業報關企業的年審，主要有以下幾個方面：第一是企業遵守海關法規的情況，有無走私、偷漏稅行為；第二是報關員工作質量水平，有無重大差錯，以及差錯的數量和性質；第三是報關業務量的大小，與企業開辦時提交可行性報告的分析有何差別，有哪些原因；第四是注冊資金是否到位，是否被抽調挪用；第五是企業對報關員和報關業務的組織管理是否規范，存在哪些問題。通過對企業的年審，對發現的問題應予指出，限期改進。對年審不合格的，要通知企業停業整頓，問題嚴重的要取消報關資格。　
2．變更登記　
專業報關企業如有變更名稱、法人代表、報關員、地址、企業性質或經營范圍、注冊資金及其他已在海關注冊登記內容的，均應事先以書面形式報請報關注冊海關核準，并辦理變更登記手續。