對我國的跨境電商產業而言，如何更加高效快捷地完成物流配送環節，從而為消費者帶來極致的購物體驗，是跨境電商從業者需要解決的重點問題。具體來說，現階段跨境電商物流行業面臨的痛點主要包括以下幾種：
痛點一：配送時間長
2013 年5月7日，速賣通平臺發布公告稱，發往俄羅斯地區的包裹最長承諾到達時間從之前的60 天調整為90 天，這就意味著在速賣通平臺上購物的俄羅斯市場用戶最長收貨周期將達到3 個月。而在產品尤其是電子產品更新迭代如此之快的互聯網時代，3 個月的時間足夠一些品牌商完成對產品的更新換代。
據跨境電商賣家給出的數據表明，向俄羅斯、巴西等地使用中郵小包或者香港小包發送包裹，平均配送周期為 40~90天。即便是使用速度稍快的專線物流，平均配送時間也要 16 ~35 天。較長的配送周期，不但影響了海外消費者的購物體驗，更對我國跨境電商產業的發展形成了巨大阻礙。
痛點二：包裹無法全程追蹤
如果是在國內地區，消費者可以通過專業的包裹查詢網站或者 app應用隨時隨地了解包裹的配送狀態。但跨境電商物流還涉及境外配送環節，許多包裹發往海外后，賣家基本喪失了對其進行追蹤的能力，在那些使用小語種語言及物流不發達的國家，這種問題尤為嚴重。
要實現對跨境包裹的全程追蹤，除了要提升境外物流配送環節的信息化水平以外，還需要國內的物流配送網絡與海外配送網絡實現無縫對接，實時同步物流信息，從而實現對跨境包裹的全程追蹤。但就目前的物流發展水平而言，恐怕還有很長的一段路要走。
痛點三：破損甚至丟包
在當前以郵政小包為主的跨境物流模式中，時常會發生包裹損壞甚至丟包問題。使用郵政系統進行跨境包裹配送，往往需要經過4~5次周轉才能最終到達消費者手中，復雜而又繁瑣的配送環節也很容易導致包裹出現問題。這不僅對消費者的購物體驗產生負面影響，更會使賣家的投入成本大幅度增長。
此外，近兩年開始興起的海外倉也為解決跨境物流配送痛點提供了重要支撐，跨境電商平臺及物流服務商都相繼在海外市場建立集倉儲、配送、售后等服務為一體的倉儲中心。在物流體系十分發達的歐美市場，建立海外倉已經成為大型跨境電商平臺及賣家的主流發展趨勢。
可以預見的是，未來將會出現更為豐富多元的跨境電商物流業態，來為跨境電商賣家及海外消費者提供更為優質的物流服務，屆時國內的跨境電商產業將會迎來爆發式增長。