(1) 信用風險
由于跨境貨物貿易可能導致貨款已付未收，或貨款已付未收的現象，第三方支付平臺的監管僅限于虛擬層面，難以確定交易的實際情況。因此，對于交易雙方而言，都存在一定的信用風險，可能會承擔另一方進行交易的違約風險。此外，在這里引入第三方 干預還有很多困難。例如，當貝寶就海外貿易發生爭議時，它可能會故意偏袒其他國家，這使得中國企業在面對海外貿易時的經濟糾紛和信用風險得不到保護。
(2) 網絡風險
跨境電子商務支付通過互聯網渠道進行。因此，在交易傳輸過程中會出現一系列網絡安全問題，如黑客攻擊、數據系統破壞等，導致大量內部數據被泄露或篡改。此外，由于虛擬交易，支付也會很困難。
(3) 法律風險
由于跨境電子商務支付涉及多個國家，支付過程中產生的矛盾和糾紛會在不同的法律和監管體系中增加跨境支付的法律風險。例如，在跨境電子商務中，每個國家的法律都傾向于保護自己的企業，這可能會給交易中的一方造成損失。
(4) 流動性風險
跨境支付和結算將伴隨著資金到達時間的問題。一般來說，資金不能立即到達，需要通過結算銀行購匯或結匯支付。一般支付平臺完成交易資金結算通常需要7到10天，這可能會導致企業資金周轉出現問題。例如，企業需要從交易中獲得支付，以支付員工工資、生產產品、購買原材料等，但由于支付過程中資金停滯一段時間，會導致企業經營周轉出現問題，導致企業經營的流動性風險。