當前跨境電商物流費用占交易總額的20-30%，整體物流成本較高。事實上，相對于國內快遞業的物流成本率(一般占客單價的5%以下)，跨境電商物流費用在整個跨境電商成本中的比例要大得多。
造成這種情況的原因主要有以下幾點：
1、環節多，流程復雜：
直郵和海外倉兩種模式均涉及國內首次，包括：商家或物流商取件；境內倉庫的入庫、驗貨、分類、貼標、訂艙和打包；國內報關；以及通過海運或空運將貨物運往目的國家。
直郵模式下，直郵模式由當地物流商或國際物流公司承接，以后端倉方式，在海外倉進行入庫、驗貨、上架、庫存，待客戶下單后，由倉庫進行尾程配送，然后再由當地物流公司承接。與此同時，海外倉還可以提供退換貨、客戶服務等增值服務。
2、直接受到海外關務、稅收政策的影響：
無論是直郵方式還是海外倉方式，跨境商品均需通過外國海關的通關程序，并按規定繳納相關稅款才能合法在海外銷售。跨境電商物流系統直接面臨著來自國外的監管和法律風險，同時也會受到國際政治經濟形勢變化的影響。比如，英國退歐后實施的新稅法中的延遲增值稅制度，將直接影響到相關物流企業，如需要由貨代或清關行承擔的貨物流轉連帶責任。
3、運輸主體和形式多樣，缺乏貫穿整個鏈條的資源整合：
運輸主體、直郵模式可能涉及郵政公司、國際快遞公司、貨代公司或國內具有跨境物流業務的快遞公司、航空或船運公司、商業清關公司以及出口國當地的快遞公司。境外倉模式比直郵模式更多的是第三方海外倉服務商或者自建倉。跨國界電商物流的主體和流程復雜多樣，造成資源整合難度大，缺乏有效貫穿上下游的資源整合者為客戶提供端到端的跨境電商物流服務。