隨著倉庫接單和經營模式的不同，倉庫管理模式也不同。
倉庫備案
原來，2010年，為了加強對特殊監管區域內入境食品化妝品存放、展示企業的管理，通過對存放、展示企業的日常監管來提升特殊監管區域內進口食品化妝品的質量安全，上海檢驗檢疫局發布了《關于明確進入上海地區海關特殊監管區域的食品/化妝品（由上海口岸入境）有關檢驗檢疫要求的通知》，在這一規定里，上海局要求，在特殊監管區域內從事入境食品化妝品存放、展示的企業，需要在上海局進行備案，成為“備案倉庫”，方可從事相關經營活動。而為了成為“備案倉庫”，企業需要滿足硬件設施、制度建設、人員配備以及日常管理等一系列材料。在申請備案時，企業需要向上海局提供上述各個方面的說明材料，然后接受上海局食品處的現場審查，對企業倉庫進行全面考核，考核合格之后發給帶有統一編號的《上海是特殊監管區域入境食品化妝品存放、展示企業備案證明》。獲得備案后，企業還需要在一個自然年內接受轄區檢驗檢疫機構的日常監管，確保倉庫在硬件、軟件以及人員等各個方面都能持續符合上海局的要求。
這一制度實施5年來，的確促進了進口食品化妝品質量安全的提升。首先，備案倉庫要求具備良好的硬件設施，這樣可以確保存放其中的食品化妝品不會在存放時出現二次污染；其次，備案倉庫要求具有完善的管理制度、完備的進出庫記錄，這樣可以從倉庫物流方面防止進口商弄虛作假、逃檢漏檢；第三、備案倉庫都必須接受轄區檢驗檢疫機構的日常監管，這就成為一把懸在進口商與倉庫管理者頭上的“達摩克利斯之劍”，一旦倉庫的管理或者存儲于其中的貨物有不符合上海局規定的情況，倉庫將面臨嚴格的被懲罰，也促使倉儲企業去督促進口商按規定進行報檢與查驗。
所以像小劉所在公司這樣的小企業，沒有富余的資金長期租賃備案倉庫庫位，以前都只能實施查驗平臺查驗，費時費力，通關效率很低，企業競爭力也不高。
弊端浮現
但隨著中國上海自由貿易試驗區的建立，進口食品化妝品貿易量節節攀升，老的備案倉庫管理制度逐漸顯出老態，弊端漸漸浮現。第一，備案倉庫的要求高、投入大，使得許多中小企業只能望而卻步。根據以前的備案倉庫管理制度及檢驗檢疫規程的規定，特殊監管區域的入境食品化妝品在進口查驗時，必須存放在備案倉庫內，方可由檢驗員進入倉庫進行查驗，否則就必須將所有貨物運輸至查驗平臺進行開箱查驗。而隨著自貿區的成立，進口食品化妝品企業的貿易量激增，這直接導致許多小企業因為沒有倉庫，也不愿支付高額的倉庫租賃費用，而每次都必須將全部貨物運輸至查驗平臺進行開箱查驗，既耽誤了寶貴的時間，又占用了有限的檢驗檢疫資源。第二，以前的備案倉庫管理細則中，雖然有日常監管的一系列規定，但都比較籠統，雖然設立了一系列的評分標準，但對于具體的扣分項目以及分值都沒有詳細規定，使得人情分、關系分時不時出現，漸漸背離了倉庫備案管理的初衷。第三，備案倉庫審核由上海局食品處進行，周期較長，與黨和國家正在推行的簡政放權、提高效率、促進貿易便利化的大方向背道而馳，不利于整個自貿區改革的繼續深入。
因此，上海局審時度勢，在做好風險分析的基礎上，積極實踐制度創新，改倉庫備案管理制度為報備制度，為廣大進口食品化妝品企業帶來了福音。
創新模式
將存放普通食品化妝品的倉庫由備案制改為報備制，企業只需要根據管理細則的要求提供相關證明材料，由轄區檢驗檢疫機構審核通過即完成報備，并可以從事相關經營活動。這就意味著，企業申請成為備案倉庫不再需要經歷漫長的審核過程，最快僅需5個工作日即可獲得報備編號，可以更快地開展經營活動，降低了企業的成本，提高了通關效率。
新規定對日常監管的頻率、扣分項目、分值都做出了詳細的規定，既便于檢驗員按照規定執行也讓企業能夠時刻自省自查。這樣檢驗員可以在日常監管過程中將一系列技術指標量化，更加方便快捷地作出判斷，同時企業也可以依照評分標準對自身的管理進行自查，方便自省和整改。
新規定對于存放其他高風險食品的倉庫仍保留了備案管理的制度，并且相關的技術指標更加嚴格。將高風險產品的倉儲企業與普通食品倉儲企業區別對待，成功實踐了風險分析管控的管理思路，在確保風險可控的基礎上，嚴格管好風險高的，適當放寬風險低的，更加有效的促進了貿易便利化，方便了企業也更好的利用了檢驗檢疫資源，提高了監管效率。而有了這么多好處，也難怪小劉喜笑顏開了。
新政實施的效果是明顯的，2014年，外高橋保稅區辦事處轄區內共有備案倉庫不到100家，而新細則頒布后，保稅區辦事處轄區內報備的倉儲企業就已經多達131家，而且數量還在不斷增加，而且隨著寬進嚴管的報備制度的推進，企業的通關便利了，開始有更多的精力重視自身的制度建設和倉庫管理，提升自己的軟實力，增加綜合競爭力，也從根本上促進了自貿區進口食品化妝品貿易的健康發展，可謂一舉多得。新的存放、展示企業監督管理細則是上海局在自由貿易試驗區內進行制度創新，推進貿易便利化，形成可復制可推廣的新制度上邁出的重要一步，也為未來自由貿易試驗區其他好的創新制度和改革經驗的復制與推廣做出了良好的示范，為自由貿易區檢驗檢疫制度創新注入了新的活力。