雖然如今我國物流倉儲獲得了可喜的成績，但這并不意味著其已經匹配了巨大的市場要求。從整個國家經濟形勢來看，物流倉儲行業也仍然有很長的路要走。我國物流倉儲在各個環節發展不平衡，已經成為了制約行業長遠發展的詬病。下面我們就針對物流倉儲存在的問題進行深入的剖析：
一是倉儲管理法規與標準不健全。我國已建立一系列有利于倉儲業發展的規章制度和標準規范，但隨著經濟的不斷發展和生產力的提高，一些規章制度慢慢不適應現代市場的需求，需要進行更新與修改。例如，《合同法》中對“倉儲合同”的規定太籠統、不明確，造成企業在執行中產生爭議：“倉儲費”一詞的規定太過籠統，隨著倉儲增值服務的發展，已經遠遠超出了原來“倉儲費”的范圍；倉儲經營企業負有商品入庫驗收的責任，傳統的作法是外觀驗收，但由于擔保存貨的特殊性，有時需要對存貨的內在質量進行檢驗，由于缺乏明確的法律依據，責任不清、實際糾紛較多。同時，新的倉儲經營業態缺乏相應的法律規定：倉庫租賃企業的責任，倉庫租賃企業與倉儲服務企業之間、自助倉儲企業與存貨人之間在物品入庫、庫存管理中的責任，以及擔保存貨管理企業應當具備的條件、管理方式及各方責任等。由于法規缺失已經造成許多法律糾紛。
二是相關政策與管理不太到位，倉儲市場秩序不夠規范。一些城市普遍存在倉庫未經備案或未經驗收就投入運營、倉儲企業租賃使用未經驗收的倉庫或不符合相關建設標準的倉庫；各類“農民倉庫”（據初步測算，目前在各城市周邊的“農民倉庫”占到倉庫總量的30%左右）、特別是無照經營的“農民倉庫”問題更突出，“五證”（建設規劃許可證、開工證、土地證、房產證、消防驗收證）不全的現象比較普遍；倉庫不符合相關建設標準，一些“倉庫”擁擠不堪、沒有必要的車輛通道與作業場地，有些倉庫存在較大安全隱患。
三是倉儲資源緊缺、租金持續上漲。由于相關政策落實與管理不到位，一方面存在強令倉儲企業搬遷，倉儲用地得不到置換，造成倉儲設施減少；另一方面存在以倉儲（或物流）名義“圈地”現象，一些企業或隨意轉讓倉儲用地，或利用倉儲用地進行房地產開發，改變倉儲用地的用途，雖然每年新增不少倉庫，但現階段我國大城市倉儲資源仍然緊缺、導致租金持續上漲。近年來，北京、廣州等城市的倉庫租金增長幅度較大，平均在20%～30%之間，而上海有的倉庫租金更是上漲了近50%。環渤海、長三角、珠三角地區的倉庫基本處于滿負荷運營，有的城市甚至出現“一庫難求”的場面。
四是倉儲經營行為不規范、專業人才缺乏。倉儲作業、倉儲服務等標準在一些企業得不到有效執行，導致企業安全事故頻發。多數倉儲企業操作人員年齡普遍偏大、技術老化、知識結構落后，一些企業人才培訓制度落實不到位，造成倉儲管理和操作人員未經培訓上崗，不能嚴格按照制度及標準進行操作，儲存商品的安全隱患增大。