運輸費用是指社會物流活動中，國民經濟各方面由于物品運輸而支付的全部費用。包括支付給物品承運方的運費（即承運方的貨運收入）；支付給裝卸搬運保管代理等輔助服務提供方的費用（即輔助服務提供方的貨運業務收入）；支付給運輸管理與投資部門的，由貨主方承擔的各種交通建設基金、過路費、過橋費、過閘費等運輸附加費用。
運輸費用=運費+裝卸搬運等輔助費+運輸附加費
具體計算時，根據鐵路運輸、道路運輸、水上運輸、航空運輸和管道運輸不同的運輸方式及對應的業務核算辦法分別計算。
①鐵路運輸費用：社會物流活動中，國民經濟各方面因為物品經鐵路運輸而發生的全部費用。包括支付給鐵路運輸部門的運費和為運輸而發生的物品裝卸、保管等延伸服務費用；由鐵路運輸部門按國家規定代收的鐵路建設基金等。也就是鐵路運輸部門取得的物流業務收入，即鐵路部門現行收入統計中的貨運收入、行李包裹收入、郵運收入和其他收入中的貨運與行李包裹部分；鐵路運輸部門實際代收的鐵路建設基金；鐵路系統多種經營中的貨運部分。
鐵路運輸費用的基本計算公式是：
鐵路運輸費用=運費+裝卸搬運、堆存保管、貨運代理等延伸服務費+鐵路建設基金
其中：
運費=鐵路貨物周轉量×鐵路平均運價
延伸服務費=延伸服務計費作業量×延伸服務平均價格
鐵路建設基金=鐵路貨物周轉量×鐵路建設基金征收率
數據來源：鐵路運輸費用數據由鐵道部門提供。
②道路運輸費用：社會物流活動中，國民經濟各方面因為物品道路運輸而發生的全部費用。包括支付給物品運輸承運方的運費（也即運輸承運方的貨運收入）；支付給物品裝卸搬運、保管、代理等其他道路運輸費用（也即裝卸搬運和其他道路運輸的貨運業務收入）；由貨主方承擔的，支付給有關管理和投資部門按規定收取的各種管理費、通行費等。
道路運輸費用，既包括支付給專業物流、運輸與輔助服務企業的貨運業務費用，同時也包括生產、流通、消費企業自有車輛承擔完成的，屬于需求領域的物品運輸業務，理應獲得的收入部分。不包括客運業務費用。
道路運輸費用的基本計算公式是：
道路運輸費用=運費+裝卸搬運和其他道路運輸費用+通行附加費
其中：運費=道路貨物周轉量×道路貨物平均運價
裝卸搬運費=道路貨運量×2×貨物裝卸搬運平均運價
通行附加費=σ（每批貨物計費作業量×該批貨物附加費率）
其他道路運輸費用是指實際發生且由貨主方承擔的，未包含在前述幾項費用之中的，屬于運輸費用之中的費用，如堆存保管費、代理費等。根據實際發生情況統計。
數據來源：貨運量、周轉量等數據由交通管理部門提供，道路貨物平均運價、道路貨物平均裝卸搬運費率等數據根據企業調查資料計算。
③水上運輸費用：社會物流活動中，國民經濟各方面因為物品水上運輸而發生的全部費用。包括支付給物品運輸承運方的運費（也即水上運輸承運方的貨運業務收入）；支付給港口、碼頭等的物品裝卸搬運、堆存保管、貨運代理等其他運輸費用（也即港口、碼頭等的貨運業務收入）；由貨主方承擔的，有關管理和投資部門按規定收取的各種航道維護費、港口建設費等附加費。
水上運輸費用既包括支付給專業物流、運輸與輔助服務企業的貨運業務費用，同時也生產、流通、消費企業自有船舶承擔完成的，屬于需求領域的物品運輸業務，理應獲得的收入部分。
水上運輸費用的基本計算公式是：
水上運輸費用=運費+港口（碼頭）裝卸搬運和其他運輸費+附加費
其中：運費=水上貨物周轉量×水上貨物平均運價
港口（碼頭）裝卸搬運費=水上貨運量×2×水上貨物平均裝卸搬運費率
港口建設費=港口貨物吞吐量噸數×港口建設費率
航道維護費=水上貨物周轉量×航道維護費率
其他水上運輸費用是指實際發生且由貨主方承擔的，未包含在前述幾項費用之中的，屬于運輸費用之中的費用如堆存保管費、代理費等根據實際發生情況統計。
數據來源：水上貨運量、周轉量、港口貨物吞吐量等數據由交通部門提供，水上貨物平均運價，水上貨物平均裝卸搬運費率等數據根據企業調查資料計算。
④航空運輸費用：社會物流活動中，國民經濟各方面因為物品航空運輸而發生的全部費用。包括支付給航空運輸承運方的運費（也即航空運輸公司的貨郵運輸業務收入）；支付給機場地勤服務方的進港到達貨物保管提取服務費、出港貨物倉管裝機服務費、地面運輸服務費、包裝物及包裝服務費、特種貨物檢查費等。
數據來源：航空運輸費用數據由民航部門提供。
⑤管道運輸費用：社會物流活動中，因為物品管道運輸而發生的全部費用。包括支付給管道運輸承運方的輸送費；裝車裝船費；儲存保管費等。也即管道運輸單位的貨運業務收入。目前國內主要是中國石油化工集團公司、中國石油天然氣集團公司承擔的石油與天然氣輸送業務。
數據來源：管道運輸費用數據由中國石油化工集團公司、中國石油天然氣集團公司提供。