現代運輸業，特別是聯合運輸生產規模的不斷擴大，使分工不斷細化，集約化程度也不斷提高，綜合管理與協調工作日趨復雜和重要，而綜合管理與協調工作又大量集中在運輸結合部上。因此，結合部的組織、管理已成為運輸企業經營管理的一個突出問題，必須加強對聯合物流運輸結合部的理論研究和組織管理，特別是從物流運輸生產實際出發，建立聯合物流運輸結合部優化模型，提高聯合物流運輸結合部特別是運輸樞紐的管理決策水平，促進物流運輸現代化建設。
綜合運輸中結合部的組織管理工作主要包括下面三個內容：
1．建立結合部的有序狀態
聚集在結合部的各系統或系統的各個要素，不少是處于無序狀態的。調整好各系統或要素之間的相互關系，使之從無序轉為有序，是進行協調的首要任務和基本內容。要從結構、排列、層次、程序上進行糕體優化，確定各自的職責范圍、運行方向和規劃，做到各就各位、各司其職、按部就班、相互協調，形成整體能力，發揮有效功能。
2．確定結合部的管理標準
為了使結合部的各要素處于有序狀態，實現協調的效果，應當建立結合部的管理標準或控制標準，一般按照“5wih”(why，when，what，where，who，how)的要求，明確規定：為什么做，何時做，做什么，哪里做，誰去做，怎么做（包括意外情況下怎么做）。每個要素在明確無誤的標準下有規則的運行，就可以使結合部處于有效管理狀態。
3把握結合部的分析方法
針對生產物流各環節中存在脫節等問題，應在充分考慮各環節的交叉、互補、約束關系的基礎上認真細致地進行調研，運用相關學科知識，建立分析模型與方法并逐步加以完善。其目的是改進薄弱環節，加強環節間的相互促進與協調，提高生產物流的效率；反映不同情況下物流運輸系統部門間的優化組合方式，為聯合物流運輸提供有力支持。
比較有效的結合部分析方法大致有以下幾種：
(1)過程分析法。以一趟列車從編組到解體的全過程或某批貨物從啟運到送達的全過程進行綜合和典型分析，從中確定結合部需要進行協調的內容。
(2)關聯分析法。從結合部存在的某一問題出發，分析與此相關的要素，逐層追查下去，找出問題的關鍵，并以此確定整體協調方案。
(3)矩陣分析法。把結合部中的各要素作為“列”，將其擔負的任務作為“行”，畫出矩陣圖，通過計算分析，對結合部的管理狀況及其效果做出總體評價，探求改善的途徑。
(4)失效樹分析。主要用于安全系統管理中，對常見事故繪制失效樹，應用圖論方法計算最小割集和結構重要度，選準解決結合部問題的突破口。
(5)網絡分析法。將結合部各要素作為工序，繪制網絡圖，以“節點”作為管理點，建立結合部的管理標準，并依據關鍵路線進行優化，以確定結合部管理的優化方案和考核依據。
(6)統計分析法。運用數理統計方法，尋找結合部中各要素變化和分布的規律，如分界口車流集散規律、裝卸車站車流到達規律、接發列車中人為失誤規律等，以把握強化結合部管理的主動權。
綜合運輸系統結合部的管理是個較新的課題，它的理論和方法已開始在實踐中經受檢驗并收到初步的成效，并將在實踐中不斷發展和完善。