指標體系的建立主要包括指標的選取及指標之間結構關系的確定兩個方面。企業物流績效評價指標體系的建立過程應該貫徹定性分析與定量分析相互結合的原則。定性分析主要是從評價的目的和原則出發，考察評價指標的科學性、針對性、完備性、穩定性、獨立性以及指標與評價方法的協調性等因素，以確定指標和指標結構；定量分析則是通過一系列檢驗，使指標體系更加科學和合理可行的過程。因此，指標體系的構建過程可分為指標初選過程和指標完善過程兩個階段進行。
1.指標體系的初連
指標體系的初選方法有綜合法和分析法兩類。綜合法是指對已存在的一些指標群，按一定的標準進行分類，使之體系化的一種構造方法。如在一些已擬定的指標體系基礎上，做進一步地歸類整理使之條理化后，形成一套指標體系。分析法是指將度量對象和度量目標劃分成若干部分，并逐步細分，直到每個部分都可以用具體的統計指標來描述和實現。
2.指標體系的完善
指標體系的初選完成后，還必須進行完善化處理。首先，測試每個指標的數值能否獲得，那些無法或很難獲得準確資料的指標，或者即使能夠獲得準確資料但費用很高（高于指標體系本身所帶來的社會與經濟效益）的指標，都是不可取的。然后，測試每個指標的計算方法、計算范圍及計算內容的正確性，并對指標體系中指標的重要性、必要性和完備性進行分析。