運輸結構涉及運輸業的宏觀控制，涉及運輸發展的全局優劣，因此，運輸結構的優化必須按照運輸經濟規律和運輸科學技術規律的客觀要求，來平衡和協調運輸業內部各種運輸方式之間、運輸業同國民經濟之間的各種關系，注意在空間上陸、水、空相結合，在時間上長、中、短期相結合，充分發揮各種運輸方式的現有和潛在能力，從而形成運輸大系統的整體優勢。
1．運輸結構優化的原則
(1)運輸結構的優化要適應產業結構的需求。由于不同的產業結構會導致不同的運輸需求，包括不同的運輸方式的選擇和運輸過程中價值目標的指向等，因此，應當根據不同的產業結構來優化運輸結構。當產業結構是以資源密集型為主時，運輸結構必須考慮運量大，規模大，在運輸過程中價值日標成本低，對運輸方式的選擇要求就是重載化和大型化；當產業結構是以資金密集型為主時，運輸結構必須考慮運量小、批量小、速度快，對運輸方式的選擇要求就是小型化、靈活化和快捷化。
(2)運輸結構的優化要適應人民生活水平的需求。隨著國民經濟的發展和人民生活水平的提高，運輸需求、特別是客運需求必然會朝著快速、方便和舒適等方向發展，因此，應當根據人民生活的實際需求，組建專業運輸企業，發展舒適型、豪華型和快速型運輸工具以及客、貨運輸線。
(3)運輸結構的優化要適應實際的需求。由于各種運輸方式都有自己的技術經濟特點以及各自的優勢和劣勢，因此，應當根據各地自然地理條件、地區經濟特點，因地制宜、揚長避短，使運輸結構最大限度地滿足實際的需求。
(4)運輸結構的優化要適應經濟效益和社會效益的需求。運輸結構的優化的最終日標就是爭取以最少的投入取得最大的效益。這里所說的效益是-種廣義的效益，包括經濟效益和社會效益。
2．運輸結構優化的對策
(1)要適應社會主義市場經濟的要求。要樹立適應社會主義市場經濟的現代企業制度的改革觀念和合理運輸結構觀念，要建立健全有關我國合理運輸結構的政策和法規，以指導我國運輸業朝著正確的方向發展。
(2)要注重先進的經濟增長方式。要著重將運輸業的經濟增長方式由粗放型向集約型轉變，建立正確合理的投資政策。一要關注運輸業投資與國民經濟總投資的比例關系，強調運輸先行，避免運輸業投資偏低；二要關注運輸業內部的投資比例，集中力量加強基礎設施的建設，實現生產力要素的合理配置，提高運輸業的勞動生產率。
(3)要設立綜合管理體制。要設立統一、集中的運輸業綜合管理體制，避免重疊、繁多的運輸管理部門自成體系，各行其是。彼此之間應該加強協作和配合，使我國的運輸結構做到統一決策、統一規劃和統一管理。
(4)要保持合理的運價體系。保持合理的運價體系，運價的制定要適應市場經濟的發展需求。運價的制定應有一個科學合理的測算依據，避免運價過分集中管理，建立合理的運輸差價和比價關系，最終形成合理的運價體系。