物流運作管理系統是社會經濟系統的一部分，其目標是獲得宏觀和微觀經濟效益。
物流的宏觀經濟效益是指一個物流運作管理系統作為一個子系統，對整個社會流通及國民經濟效益的影響。物流運作管理系統是社會經濟系統中的一部分，如果一個物流運作管理系統的建立，破壞了母系統的功能及效益，那么，這一物流運作管理系統盡管功能理想，但也是不成功的。物流運作管理系統不但對宏觀的經濟效益產生作用，而且還會對社會其他方面產生影響，例如物流設施的建設會給周邊的環境帶來影響。
物流運作管理系統的微觀經濟效益是指該系統本身在運行活動中所獲得的企業效益。其直接表現形式是這一物流運作管理系統通過組織“物”的流動，實現本身所耗與所得之比。系統基本穩定運行后，主要表現在企業通過物流活動所獲得的利潤，或物流運作管理系統為其他系統所提供的服務上。
建立和運行物流運作管理系統時，要以兩個效益為目的。具體來講，物流運作管理系統要實現以下5個目標，即“5s”目標。
(1)服務(service)。物流運作系統是“橋粱、紐帶”作用的流通系統的一部分，它具體地聯結著生產與再生產、生產與消費，因此要求有很強的服務性。物流系統采取進貨、配送等形式，就是其服務性的體現。物流運作系統的本質要以用戶為中心，樹立用戶第一的觀念。其利潤的本質是“讓渡”性的，不一定是以“利潤為中心”的系統。在技術方面，近年來出現的“準時供貨方式”(jit)、“柔性供貨方式”等，也是其服務性的表現。
(2)快速、及時(speed)。及時性是服務性的延伸，既是用戶的要求，也是社會發展進步的要求。隨著社會大生產的發展，對物流快速、及時性的要求更加強烈。在物流領域采用直達運輸、國際多式聯運、qr快速反應系統等管理和技術，就是這一目標的體現。
(3)低成本(saving)。在物流領域中除流通時間的節約外，由于流通過程消耗大而又基本不增加或不提高商品的使用價值，所以依靠節約來降低投入，是提高相對產出的重要手段。在物流領域里推行的集約化經營方式，提高物流的能力，采取各種節約、省力、降耗措施，實現降低物流成本的目標。
(4)規模優化(scale optimization)。由于物流運營系統比生產系統的穩定性差，難以形成標準的規?；Ｊ?，因而其規模效益不明顯。通常是以物流規模作為物流運營系統的目標，依此來追求“規模效益”。在物流領域以分散或集中的方式建立物流運營系統，研究物流集約化的程度，就體現了規模優化這一目標。
(5)庫存控制（stock control）。庫存控制是及時性的延伸，也是物流運作系統本身的要求，涉及到物流運作系統的效益。物流運作系統是通過本身的庫存，起到對千百家生產企業和消費者需求的保證作用，從而創造一個良好的社會外部環境。同時，物流運作系統又是國家進行資源配置的一環，系統的建立必須考慮國家進行資源配置、宏觀調控的需要。在物流領域中正確確定庫存方式、庫存數量、庫存結構、庫存分布就是這一目標的體現。
要提高物流運作系統化的效果，就要把從生產到消費過程的貨物量作為一貫流動的物流量看待，依靠縮短物流路線及物流時間，使物流作業合理化、現代化，從而實現物流運作系統的目標。