除享受保稅區免征關稅和進口環節稅、海關監管等方面的政策外，還疊加了出口加工區的政策，即實現國內貨物入區視同出口，辦理報關手續，實行退稅。從而改變了保稅區現行的“貨物實行離境方可退稅”的方式，大大降低了企業的運營成本。區內享受“境內關外”的待遇，貨物在區內可以自由流通，不征增值稅和消費稅。此外，區港聯動區域實行封閉管理，參照出口加工區的標準建設隔離設施，專門發展倉儲和物流產業，區內不得開展加工貿易業務。
一、政策優勢
保稅物流園區內除繼續執行現有的保稅區政策外，還享受以下三條配套政策：
1、對進入保稅物流園區的國內貨物實行進區退稅。比照出口加工區，對從區外進入保稅物流園區內的國內貨物實行進區退稅。若進入保稅物流園區內的國內貨物重新回到區外，應嚴格按照貨物的實際狀態辦理貨物的進口手續,改變了保稅區現行的離境退稅方式，降低了企業運營成本。
2、給予區內企業在稅費政策和市場準入方面的國民待遇。區內企業無論什么性質，都享受統一的稅費政策和市場準入待遇。取消現行對國內企業征收監管手續費的政策;取消對區內企業在貨代、船代和外貿經營權等多種領域方面的限制。
3、適度放寬外匯管理。貨物在保稅物流園區與境外之間流動，區內企業無需辦理出口收匯和進口付匯核銷手續;貨物在保稅物流園區與境內之間流動，由區外企業按照規定辦理出口收匯和進口付匯核銷手續;區內企業辦理進出口收付匯核銷后，與區外企業(無進出口經營權)結算以人民幣計價。
二、功能提升
根據“一線放開、二線管住、區內寬松”的區域管理理念，可以充分發展“區港一體”的優勢，進一步完善貨物配載、貨物中轉與倉儲、國內外貨物代理、多式聯運、物流信息管理的功能;進一步完善進出口貿易、報送、通關、貨物裝卸、保稅倉儲、分撥配送等服務功能。中轉集裝箱在保稅物流園區可以進行拆、拼箱，改變中轉集裝箱在港區內只能整箱進出的現狀，集裝箱在保稅物流園區堆存無時間限制，改變集裝箱在港區只有十四天報關期限的現狀。
三、通關便捷
通過實施“區域管理封閉化、海關管理智能化、園區管理信息化、海關通關快捷化”等措施，一次申報，一次查驗、一次放行，園區和港區之間開辟海運直通式通關通道，設立自動判別體系，自動生存管理數據，實現edi無紙報關，直通式卡口實貨放行。特別是對園區同保稅區、出口加工區、保稅倉庫之間的保稅貨物結轉可實行“分批出區、集中報關”的快捷通關手續，大大提高了通關效率。
四、監管高效
采用高科技手段，設置先進的海關監管設施和完備的企業電子帳冊管理系統，既保證了海關對園區的嚴密監管，又使貨物能夠快速流通。
五、體制創新
海關、檢驗檢疫、邊檢等監管單位，在園區試行“一站式”申報，并與鄰近港口的監管單位緊密配合，減少通關環節，提高通關效率和降低商務成本。